PARTICLE MASS DETERMINATION

SCÅTTERは、Rambo and Tainer Nature 496、477-481 (2013) ( http://www.nature.com/nature/journal/v496/n7446/full/nature12070.html) の方法を用いて散乱粒子の質量を推定することができます。 この方法は、 I(0) 、 Rg および Vc の正確な評価を必要とします。 実空間と逆空間から I(0) と Rg を推定することができれば、両方の方法を用いて質量を計算します。 この論文に基づいて、質量は、 \(Vc^2\) を Rg で割った値として定義される \(Q_R\) の割合から決定されます。 サンプルの粒子質量を測定するには、以下の手順を実行します。

1,Guinier解析を実施するか、 "Auto Rg" を使用する。

2, P(r) 関数を決定する実空間解析を実行する。

3, “Vc” ボタンを使用して相関量を決定する。

図1 | （Rambo and Tainer Nature 496、477-481 2013から引用）

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質量パラメータ \(Q_R\) は、粒子質量とべき乗則の関係に従います（図1）。 各タイプの粒子（例えば、タンパク質、RNAまたはDNA）について、べき乗関係を、既知のサンプルのセットからパラメータ化することができます。 図1にはPDBからのタンパク質（黒色）、核酸とタンパク質の混合複合体（シアン）およびRNA（赤色）構造のべき乗則関係が示されています。

\(Q_R\) は、D.Svergunのプログラム CRYSOL による水中での SAXS シミュレーションから計算しました。

図2 | （Rambo and Tainer Nature 496、477-481 2013から引用）

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\(Q_R\) は、大きな質量範囲にわたって線形です。 実際のタンパク質およびRNAサンプル（図2）を使用して、高度に精製され、同定されたサンプルを用いて \(Q_R\) を計算し、図1のkおよびcを決定しました。 これらのパラメータは、機器またはバッファの組成とは無関係に、タンパク質またはRNAサンプルの質量を測定するために使用されます。 SAXS MoW (http://saxs.ifsc.usp.br/) は、SAXS曲線から直接タンパク質分子量を推定するための代替方法です。 この方法では、 ATSAS バージョン2.4.2からの GNOM 出力が必要です。