.. tsukamoto

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PARTICLE MASS DETERMINATION
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SCÅTTERは、Rambo and Tainer Nature 496、477-481 (2013) ( http://www.nature.com/nature/journal/v496/n7446/full/nature12070.html) の方法を用いて散乱粒子の質量を推定することができます。
この方法は、 *I(0)* 、 *Rg* および *Vc* の正確な評価を必要とします。
実空間と逆空間から *I(0)* と *Rg* を推定することができれば、両方の方法を用いて質量を計算します。
この論文に基づいて、質量は、 :math:`Vc^2`  を *Rg* で割った値として定義される :math:`Q_R` の割合から決定されます。
サンプルの粒子質量を測定するには、以下の手順を実行します。

1,Guinier解析を実施するか、 :program:`"Auto Rg"` を使用する。

2, *P(r)* 関数を決定する実空間解析を実行する。

3, :menuselection:`"Vc"` ボタンを使用して相関量を決定する。

図1 | （Rambo and Tainer Nature 496、477-481 2013から引用）

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   :scale: 70%
   

質量パラメータ :math:`Q_R` は、粒子質量とべき乗則の関係に従います（図1）。
各タイプの粒子（例えば、タンパク質、RNAまたはDNA）について、べき乗関係を、既知のサンプルのセットからパラメータ化することができます。
図1にはPDBからのタンパク質（黒色）、核酸とタンパク質の混合複合体（シアン）およびRNA（赤色）構造のべき乗則関係が示されています。
 :math:`Q_R` は、D.Svergunのプログラム :program:`CRYSOL` による水中での SAXS シミュレーションから計算しました。

図2 | （Rambo and Tainer Nature 496、477-481 2013から引用）

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   :scale: 70%
   
:math:`Q_R` は、大きな質量範囲にわたって線形です。
実際のタンパク質およびRNAサンプル（図2）を使用して、高度に精製され、同定されたサンプルを用いて :math:`Q_R`  を計算し、図1のkおよびcを決定しました。
これらのパラメータは、機器またはバッファの組成とは無関係に、タンパク質またはRNAサンプルの質量を測定するために使用されます。
SAXS MoW (http://saxs.ifsc.usp.br/) は、SAXS曲線から直接タンパク質分子量を推定するための代替方法です。
この方法では、 ``ATSAS`` バージョン2.4.2からの ``GNOM`` 出力が必要です。