FLEXIBILITY ANALYSIS

SAXSは、あなたの生体高分子の「”変性度”」または「”ランダムコイル”」の類似性を評価するための強力なツールである。 解析は、通常、Kratkyプロットを介して定性的であるが、いくつかの定量的な測定基準も提供することができる。 散乱体のPorod指数、体積、密度を決定する。 ここでは、均一で純粋なサンプルを想定している。 マージされたデータセットをロードして、 “Flexibility Plots” ボタン（図1の赤い矢印）をクリック。 “Start” と “End” のボックスで調整することで、 q 範囲全体が使用可能になっていることを確認する。（図1の矢印）。

図１

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新しいプロットが4つのサブプロットでポップアップ表示される。 各プロットは異なる軸を持ち、標本はpower-low関係で表現、それは与えられるサンプルの積数（コンパクト対フレキシブル）に依存する。 詳細については、RamboとTainer Biopolymersを参照のこと。 スライダー（図1の緑色の矢印）を使用して、最初に直線/プラトーな領域を見つける。 プラトーがKratky-Debye　plotで存在する場合は、コンパクトな粒子である。 もしPorod-Debye　plotでプラトーが発生すると、コンパクトな粒子ができる。 しかし、P4-P6 RNAドメインのような特に非対称性を有する粒子の場合、プラトーはPorod-Debye領域において容易には見られない。 あるいはある直線領域を見るだろう、そして、重要なのは、最大領域を定義するq-maxである。 この場合、q-maxは〜0.125である（図2の左上のプロット参照）。 また、負の線形勾配を持つことはできない。これにより、自動的にこれらのプロット（Kratky-Debye）がさらに考慮されなくなる。

図２

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次に、 “Analysis” タブの “Volme” ボタンをクリックする。 これにより、3つのプロットがある別のウィンドウが表示される。 最初のプロットは標準的なKratkyプロットである。次は、ウィンドウの “Start” と “End” で定義されたデータに対するフィッティングの残差プロットである。 下のプロットはPorod-Debyeプロットである（図3）。 “Start” と “End” ボックスを使用しデータを調整すると、データが双曲線の立ち上がり後に最初の線形領域になる（図3の緑の矢印）。 定義されたデータは、我々のアルゴリズムによってフィットされたデータのサブセットである。

図３

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ここでは、Porod指数を定義するために134から202ポイントのデータを切り捨てた（Rambo and Tainerによる Biopolymers（2011）とFeign and Svergun による　Structure Analysis by SAX / NS（1987）を参照のこと）。 この領域は、Porod指数とPorod指数の補正係数を同時に決定する。 Porod指数は、コンパクトさを評価するための定量的な指標であり、指数がけっていされると Scatter によって記録される。 残差プロットに偏りのない分布を示す最初の双曲的な上昇の後の線形領域を探す（図3の右上のプロット）。

図４

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散乱体はかなり小さく、Porod指数は3.7である。 データの不連続性があり（図3）、マージまたはバッファ差分に問題があることを示唆しており、相関体積の問題によってさらに解析に問題をもたらす。