山本研究室

 

植物分子生理学研究室

応用植物科学コース 生産環境科学課程 応用生物科学部

応用植物科学領域 生物生産環境科学専攻 自然科学技術研究科


植物ゲノム科学研究室

生物機能制御学連合講座 生物資源科学専攻  連合農学研究科

博士課程は研究室名が違いますが同じラボです:)


501-1193 岐阜市柳戸1-1 岐阜大学


山本義治 オフィス:応用生物科学棟 A429(内線2848)

実験室:A405 - 408, A431, A329, E104(応生棟の東側コンクリ平屋) 

学生居室:A403

ニュース  (過去のニュースはこちら

【研究室訪問】6/14

京都府立大学福島敦史研究室、佐藤壮一郎研究室を訪問しました。


PI体調】5/28

山本三角巾外しました。


【イベント】5/17

山本骨折しました(4/29)。絶不調です。今日の植物コースBBQはみなさんで楽しんで下さい。差し入れしときます。


【告知】2024ワークショップとシンポジウム予定

日本分子生物学会(11/28, 福岡)

シンポジウム題目:種内多様性の分子基盤や成立過程の解明へ向けて

オーガナイザー:Fawcett Jeffrey (RIKEN iTHEMS)

(山本講演します)


日本遺伝学会(9/4-6, 高知)

ワークショップ題目:細胞内共生と細胞進化を支えるゲノム機能とその変遷

世話人: 山本義治(岐阜大)、遊佐陽一(奈良女子大)

(山本講演しません)


【研究室訪問】4/4

JAMSTEC井町研究室を訪問しました(山本)。共同研究の打合せ、ではなく純粋な情報蒐集の訪問です:)  ついでに関東学院大学近藤陽一研究室も訪問しました。


【研究室設備】3/8 新サーバー

名称:loon

メモリ256GB(Elkと変わらず)

導入ツール:abyss, bcftools, bedtooks2, bioconductor, bioperl, biopython, bioruby, blast, blat, bowtie2, bwa, bwa-mem2, canu, circos, clustal-omnega, cufflinks, cutadapt, cytospace, deeptools, fastp, fastqc, fastx_toolkit, flexbar, flye, freebayes, gatk, hisat2, igv, interproscan, kallisto, macs2, mafft, minimap2, picard, pilon, plink2, ribont, ribort, ribotaper, ribotish, salmon, samtools, seqkit, seurat, snpeff, dpades, sratoolkit, star, stringtie, subread, trimgalore, trimmomatic, trinity, varscan, fcftools, wtdbfg2.


PacBioデータ用SMRTLinkはブラウザ経由で使います。

旧サーバーElkは廃棄予定。


【研究室】1/9  年初めの学生部屋



全力で卒論に向かう学生:)









 

学生アルバイト募集中   実験補助、植物の世話、サーバー管理(どれか)。

             最先端の研究が体験出来ます。

             勤務日等については応相談

             連絡先: yyy@gifu-u.ac.jp, 応用生物科学棟A429

進行中の共同研究プロジェクト


・「ゴムノキのPestalotiopsis菌広域感染を防止するための多角的駆除」( SATREPS プロジェクト(JICA-JSTの2省間連携プロジェクト)、代表:松井南(理化学研究所資源環境科学研究センター)、山本研は分担、2021-2026)


・ラオス黒米のフラボノイド生合成調節機構の解析(JIRCASとの共同研究、山本研は分担、2022-)


・植物プロモーターデータベース ppdb







 

JD担当ラボです      インド工科大学グワハティ校とのジョイントディグ

                                        リープログラム(修士、博士課程、学費免除!)の担当ラボです。

                                        詳細は山本まで。

雑誌エディターやってます

 *Frontiers in Plant Science

 *DNA (MDPI系列)

 *Journal of Genome Editing and Regulation

学会事務局です      International Society of Endocytobilogy (ISE)

             国際細胞共生学会日本支部会オフィス

             詳細はこちら

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