植物分子生理学研究室

応用植物科学コース　生産環境科学課程　応用生物科学部

応用植物科学領域　生物生産環境科学専攻　自然科学技術研究科

植物ゲノム科学研究室

生物機能制御学連合講座　生物資源科学専攻  連合農学研究科

博士課程は研究室名が違いますが同じラボです：）

〒501-1193　岐阜市柳戸1-1 岐阜大学

山本義治　オフィス：応用生物科学棟 A429（内線2848）

実験室：A405 - 408, A431, A329, E104（応生棟の東側コンクリ平屋）　

学生居室：A403

アナウンス

【植物分子生理学特別セミナー】 7/31  11-12:00 岐阜大学

講師：湯本原樹　博士　（京都大学生態学研究センター）

演題：常緑多年草ハクサンハタザオにおいて葉の老化制御が季節変化する

場所：応用生物科学棟 ３２講義室　

参加自由です

【オープンキャンパス】8/8-9   岐阜大学

研究室紹介用のポスター作成しました

「植物の環境適応に関わる進化のシナリオを研究しています」<link>

【日本遺伝学会ワークショップ】9/4-6, 高知

ワークショップ題目：細胞内共生と細胞進化を支えるゲノム機能とその変遷

世話人：　山本義治（岐阜大）、遊佐陽一（奈良女子大）

（国際細胞共生学会後援　山本講演しません）

【 日本分子生物学会シンポジウム】11/28, 福岡

Comparative TSS-seq of Arabidopsis natural variations reveals genetic stability of genic and non-genic promoter groups and re-tuning of gene expression during local adaptation

Yoshiharu Y. Yamamoto

シンポジウム題目：種内多様性の分子基盤や成立過程の解明へ向けて

オーガナイザー：Fawcett Jeffrey (RIKEN iTHEMS)

進行中の共同研究プロジェクト

・「ゴムノキのPestalotiopsis菌広域感染を防止するための多角的駆除」（ SATREPS プロジェクト（JICA-JSTの2省間連携プロジェクト）、代表：松井南（理化学研究所資源環境科学研究センター）、山本研は分担、2021-2026)

・ラオス黒米のフラボノイド生合成調節機構の解析（JIRCASとの共同研究、山本研は分担、2022-）

・植物プロモーターデータベース ppdb

Highly Cited Researchers of Gifu University

ニュース　　（過去のニュースはこちら）

【研究室行事】8/2-4

恒例ラボ旅行。高山、乗鞍岳 （高山試験地泊）。

【植生調査】7/10-17

秋田・岩手ハタザオ生息地確認調査旅行（平野、山本）。走行距離は~2,000 km。

【講習会】7/8-12

SATREPSバイオインフォマティクス ・ショートトレーニングコース開催（前橋工科大）。菅川ヘルプで参加。山本、平野は10日のみ参加。

【研究室訪問】7/5

静岡大学本橋令子研究室を訪問しました。（山本）

【研究室訪問】6/27-8

九州工業大学花田耕介研究室を訪問しました。（山本、菅川）

【研究室訪問】6/14

京都府立大学福島敦史研究室、佐藤壮一郎研究室を訪問しました。（山本、菅川）

【PI体調】5/28

山本三角巾外しました。

【イベント】5/17

山本骨折（4/29）。絶不調です。今日の植物コースBBQはみなさんで楽しんで下さい。差し入れしときます。

【研究室訪問】4/4

JAMSTEC井町研究室を訪問しました（山本）。ついでに関東学院大学近藤陽一研究室も訪問しました。（山本）

【研究室設備】3/8 新サーバー

名称：loon

メモリ256GB（Elkと変わらず）

導入ツール：abyss, bcftools, bedtooks2, bioconductor, bioperl, biopython, bioruby, blast, blat, bowtie2, bwa, bwa-mem2, canu, circos, clustal-omnega, cufflinks, cutadapt, cytospace, deeptools, fastp, fastqc, fastx_toolkit, flexbar, flye, freebayes, gatk, hisat2, igv, interproscan, kallisto, macs2, mafft, minimap2, picard, pilon, plink2, ribont, ribort, ribotaper, ribotish, salmon, samtools, seqkit, seurat, snpeff, dpades, sratoolkit, star, stringtie, subread, trimgalore, trimmomatic, trinity, varscan, fcftools, wtdbfg2.

PacBioデータ用SMRTLinkはブラウザ経由で使います。

旧サーバーElkは廃棄予定。