ppdb: plant promoter database

当研究室では、近年決定された植物の全ゲノム配列をもとにプロモーターデータベースを作成・運営しています。

データベースの基盤となるのは以下の４つです。

①公開されている全ゲノム配列（国際共同研究による成果）

②当研究室において実験的に同定された大規模転写開始点情報

③当研究室において開発されたプロモーター構成配列のin silico抽出法及び抽出配列

④③によるプロモーター構造認識

⑤マイクロアレイデータを利用した転写制御配列予測

シロイヌナズナ、イネ、ヒメツリガネゴケ、ポプラに対応しています。

reference

Hieno A, Naznin HA, Hyakumachi M, Sakurai T, Tokizawa M, Koyama H, Sato N, Nishiyama T, Hasebe M, Zimmer AD, Dang D, Reski R, Rensing S, Obokata J, Yamamoto YY (2014) ppdb: Plant Promoter Database ver 3.0. Nucleic Acids Res 42: D1188-1192. Journal Site  PubMed

Yamamoto YY, Obokata J. (2008) ppdb, a plant promoter database. Nucleic Acids Res 36, D977-D981. PubMed pdf

上記ref以降の追加データ

Tokizawa M, Kusunoki K, Koyama H, Kurotani A, Sakurai T, Suzuki Y, Sakamoto T, Kurata T, Yamamoto YY (2017) Identification of Arabidopsis genic and non-genic promoters by paired-end sequencing of TSS tags. Plant J 90: 587-605. PubMed

助成履歴

・2012 ~ 2013: 岐阜大学活性化経費（グループ形成支援）

・2011 ~ 2012: 文科省科研費補助金　研究成果公開促進費（データベース）

・2007 ~ 2010: 文科省科研費補助金　特定領域研究（比較ゲノム）

あとは持ち出しで運営中：）

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Highly Cited Researchers of Gifu University