Q&A
16S metagenome解析について
Q.電気泳動像にプライマーダイマーが見える時は？
しっかりと目的バンドが見えていれば、NGS側で行うビーズ精製によって100bp以下のバンドは取り除くことができます。Q.非特異的増幅(エキストラバンド)が見られる時は？
目的バンドより明らかに薄い時にはNGS側で行う二次解析で取り除くことができます。(エキストラバンドの分、目的領域のリード数が減ることをご了承ください)
Q.PCRで使用する酵素は？
腸内細菌には2XKAPA HiFi HotStart ReadyMixを推奨します。それ以外のPCR酵素も使用できますが、自己責任でよろしくお願いします。
Q.PCRで増幅できない時は？
テンプレートDNA量を変更してください。多くの場合、テンプレートDNA量を減らすことで改善します。(DNA溶液中の阻害物質量も減るため)
whole genome解析について
Q.アダプタートリムはどのようにすればいい？
生データの両方(R1,R2)の3'末端からCTGTCTCTTATACACATCTの配列を除いてください。ソフトはTrimmomatic,cutadaptなどをご使用ください。
