MiSeqサービス
Kohei Nakamura
サービス概要
1. MiSeq Reagent kit V3 600サイクルキットを使ったアンプリコン解析とWhole genome解析2. サンプル持ち込み単独利用
3. 単独利用
1は毎月1回のRUN募集で行い，2，3は随時募集とします。
サービス提供対象
サービス提供対象者
1. 学内利用者（利用料金請求先が岐阜大学アカウント ＊gifu-u.ac.jp を有する）
2. 学外利用者（学内利用者以外）
サービス内容
| サービス | 学内利用者 | 学外利用者 | 納品物等＃ |
|---|---|---|---|
| アンプリコン解析＊ | 10,000円/サンプル | 20,000円/サンプル | Rawデータ＊＊＊，16S rDNA V3-V4領域が標的の場合：下記参照＊＊＊＊ |
| Whole genome解析＊＊ | 30,000円～/サンプル | 60,000円～/サンプル | Rawデータ，バクテリアの場合：下記参照＊＊＊＊＊ |
| サンプル持ち込み単独利用 | 80,000円/回 | 100,000円/回 | ライブラリー調製，コントロールDNAの混合を終えたサンプルとMiSeqのReagent kitを持参して機器利用する場合。RUN前後のWashとRUNを岐大のオペレータが行います。Rawデータのみ。 |
| 単独利用 | 50,000円/回 | 提供しない | RUN前後のWashとRUN，データの出力を含めて行える学内利用者を対象とします。 |
＃ データの受け渡し方法は，クラウドサービス，またはUSBディスクの郵送（別途料金）します。↩︎
＊アンプリコン解析はサンプル数と作業内容に応じて割引します↩︎
| サンプル数 |
学内利用者 円/サンプル |
学内利用者 提出物 |
学外利用者 円/サンプル |
学外利用者 提出物 |
|---|---|---|---|---|
| 47以下 | 10,000 | 1st PCR産物 | 20,000 | 1st PCR産物 |
| 48以上 | 8,000 | 1st PCR産物 | 16,000 | 1st PCR産物 |
| 48以上 | 7,000 | Index PCR後の精製物 | 提供しない | |
| 96以上 | 6,000 | 1st PCR産物 | 12,000 | 1st PCR産物 |
| 96以上 | 5,000 | Index PCR後の精製物 | 提供しない |
＊＊ Whole genome解析はゲノムサイズと解析総塩基数に応じた料金とします。↩︎
| 対象生物 | ゲノムサイズ(bp)例 | カバレッジ | 解析塩基総数 | リード数 (R1+R2) | 学内利用者 (円/サンプル) |
学外利用者 (円/サンプル) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 原核生物（Bacteria, Archaea） | 4,000,000 | 60 | 240,000,000 | 400,000 | 30,000 | 60,000 |
| 真核生物（Yeast, Fungi） | 12,000,000 | 60 | 720,000,000 | 1,200,000 | 50,000 | 100,000 |
＊＊＊ Rawデータ1の最低リード数を40,000とします↩︎
ただし，次の条件を満たす場合
1. サンプルの1st PCR産物がアガロースゲル電気泳動でシングルバンド（または若干のスメアバンド）であること。
2. Index PCR後の精製産物の濃度が4 nM以上であること。
サンプルを提出される際は，サンプルシートに入力（学内利用者），またはサンプルシートを提出（学外利用者）ください。
＊＊＊＊ 16S rDNA V3-4領域のアンプリコン解析↩︎
配列処理と提供データ
1. Q値25でのデータフィルタリング後にR1,R2リードの連結
2. 連結リードをMothurによるキメラチェック，OTUクラスタリングとOTUの分類
3. 97％類似性で作成したOTUの分類はSilva database version 132に基づく
4. Rのphyloseq package等による原核生物群集解析
- OTU表と積上げ棒ピボットグラフ
- α多様性指数（Observed species，Ace，Chao1，Shannon，Simpson，Inversed Simpson指数）
- 全OTUを使ったデンドログラム（Bray-Curtis dissimilarity distance matrixに基づく）
- 全サンプル中上位25番目までのOTUを使ったヒートマップ，主座標解析またはNMDS解析のプロット
（ 納品デモデータ参照 ）。
オプション：設定の変更・追加データのリクエストは中村
まで。
＊＊＊＊＊ 原核生物ゲノムDNA解析↩︎
サンプル調製料金
DNA Prepを用いたTransposase処理，Index primer付加等の作業を1サンプル当たり1,000円（税込）で承ります。
希望される方はRUN実施決定後にお知らせください。
配列処理（提供データ）
1. fastpによるQ値フィルタリング
2. リードデータのspadesによるde novoアッセンブリ
3. アッセンブリデータのをquastによるで解析（アッセンブリデータ要約ファイル）
4. アッセンブリデータをprokkaを用いてcds予測とその注釈付け（gff，fna，faa，ffnファイルなど）
サンプルを提出される際は，サンプルシートに入力（学内利用者），またはサンプルシートを提出（学外利用者）ください。
Rawデータ，MiSeqから出力される配列情報からアダプター配列を除去したfastqファイル。↩︎