サービスについて
取り扱い項目
岐阜大学次世代シークエンサーサービスでは現在- 16S metagenome（アンプリコン）解析
- Whole genome
16S metagenome（アンプリコン）、Whole genomeについては月一度の定期RUNを行っております。
ただしサンプル数が少ない場合には延期する場合がございます。
詳細はこちら>からご確認ください。
サンプルシート
以下のリンクからサンプルシートがダウンロードできます。サンプルシートのダウンロード
サンプルシートに、学外の方は必要事項をご記入の上、ngs@t.gifu-u.ac.jpまで添付してお送りください。
また、学内の方は個別にメールにて提出方法を指示いたします。
Whole genomeまたはMetagenome解析依頼の方は、こちらをご覧ください。
サンプルシートの記入方法
1.サンプルシートに以下のようにご記入ください。16S metagenome（アンプリコン）解析の場合：Amplicon_ のシートに入力ください。
受付日時
入力は必要ございません。こちらで入力します。受付番号
入力は必要ございません。こちらで入力します。所属(学部、学科(課程))
岐阜大学での所属学部と所属学科(課程)を入力ください。
岐阜大学外の方は、所属（大学名、研究所名、企業名）を入力下さい。
氏名
お名前を入力下さい。担当教員
担当教員（または解析費用負担者）の名前を入力下さい。内線番号
岐阜大学内での所属研究室の内線番号を入力下さい。
岐阜大学外の方は、所属先の電話番号を入力下さい。
サンプルの種類
どのようなサンプルなのかを入力下さい。増幅領域
PCRで増幅した領域を入力下さい。
16Sの場合はどの可変領域か(例:V1-V2領域)まで入力下さい。
ゲノムDNAの抽出方法(キットなど)
キットや抽出法を入力下さい。
泳動量
PCR後の電気泳動に用いたサンプルの量を入力下さい。泳動写真(レーンNo.)
電気泳動像のレーンに番号をふり、サンプルに該当するレーン番号を入力下さい。PCR産物の長さ(bp)
イルミナ社指定のプライマー以外を使用した方は、おおよその長さを入力下さい。
提出量
提出したサンプル量を入力下さい。※電気泳動した以外の全量をご提出ください。
備考
ご自分のサンプルがどれかわかりやすいよう、また何か伝えたいことなどありましたら入力下さい。
泳動写真
電気泳動の写真を表記部分の下に入力下さい。サンプルがどのバンドかわかるよう、番号をふって下さい。
解析する増幅産物の大きさに近いマーカー量(ng)が分かるようにしてください。
Whole Genomeの場合：Whole_ のシートに入力ください。
受付日時
入力は必要ございません。こちらで入力します。受付番号
入力は必要ございません。こちらで入力します。所属(学部、学科(課程))
岐阜大学での所属学部と所属学科(課程)を入力ください。
岐阜大学外の方は、所属（大学名、研究所名、企業名）を入力下さい。
氏名
お名前を入力下さい。担当教員
担当教員（または解析費用負担者）の名前を入力下さい。内線番号
岐阜大学内での所属研究室の内線番号を入力下さい。
岐阜大学外の方は、所属先の電話番号を入力下さい。
生物種
分析する生物種の学名を入力下さい。ゲノムサイズ(Mbp)
おおよそのゲノムサイズを入力下さい。DNA濃度(ng/μL)
DNA濃度をng/μL単位で入力下さい。容量 μL
サンプルの全容量をμL単位で入力下さい。溶解液
溶解液を入力下さい。
溶解液は10 mM Tris-HCl(pH8.5)バッファーかEBバッファー（QIAGEN, Cat. No. / ID: 19086）をお使いください。
resequence or de novo
resequenceをご希望される方はRを、de novoをご希望される方はDを入力下さい。DNA抽出方法(キットなど)
ゲノムDNA抽出方法を入力下さい。UV(A260/A280)
UV(A260/A280)の値を入力下さい。UV(A260/A230)
UV(A260/A230)の値を入力下さい。
泳動写真(レーンNo.)
上記の16S metagenome解析のように，電気泳動の写真をサンプルシートの余白に掲載してください。
サンプルがどのバンドかわかるよう、番号をふって下さい。
解析する増幅産物の大きさに近いマーカー量(ng)が分かるようにしてください。
アダプタートリム
アダプタートリムが必要か不要かをご記入ください。希望coverage数
ご希望のカバレッジ数を30、60、120から入力下さい。通常Resequenceは30、de novoは60となります。120をお選びになると値段は倍になります。備考
何かありましたら入力下さい。2.情報を書き込んだサンプルシートをngs@t.gifu-u.ac.jpまで添付ファイルでお送りください（学外の方）。
データの受け渡しについて
データ受け渡し予定日以降に...学内の方は、指導教員（支払い請求先）のOneDriveフォルダにデータをアップロードします。
ダウンロード後に速やかに削除ください。ファイルが残っている場合、次回のRunの際に削除します。
学外の方には、メールにて受け渡し方法についてお知らせします。
