岐阜大学 糖鎖生命コア研究所免疫プロテオミクス研究室

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糖鎖による抗原・抗体反応の制御を理解する

業績

論文

  1. Abe Y, Hirano H, Shoji H, Boku N, Tomonaga T, Adachi J. Data for Comprehensive characterization of the phosphoproteome of gastric cancer from endoscopic biopsy specimens. Journal of Proteome Data and Methods, 2024 6; 24-26.
  2. Gunji D,Abe Y, Muraoka S, Narumi R, Isoyama J, Ikemoto N, Ishida M, Shinkura A, Tomonaga T, Nagayama S, Takahashi Y, Fukunaga Y, Sakai Y, Obama K, Adachi J. Longitudinal phosphoproteomics reveals the PI3K-PAK1 axis as a potential target for recurrent colorectal liver metastases. Cell Rep. 2024 Dec 24;43(12):115061.
  3. Shoji H, Hirano H, Nojima Y, Gunji D, Shinkura A, Muraoka S, Abe Y, Narumi R, Nagao C, Aoki M, Obama K, Honda K, Mizuguchi K, Tomonaga T, Saito Y, Yoshioka T, Kato K, Boku N, Adachi J. Phosphoproteomic subtyping of gastric cancer reveals dynamic transformation with chemotherapy and guides targeted cancer treatment. Cell Rep, 2024 Sep 25:114774.
  4. Okuda Y, Shimura T, Abe Y, Iwasaki H, Nishigaki R, Fukusada S, Sugimura N, Kitagawa M, Yamada T, Taguchi A, Kataoka H. Urinary dipeptidase 1 and trefoil factor 1 are promising biomarkers for early diagnosis of colorectal cancer. J Gastroenterol. 2024 Jun 5. Online ahead of print.
  5. Hasegawa N, Hongo M, Okada M, Kuga T, Abe Y, Adachi J, Tomonaga T, Yamaguchi N, Nakayama Y. Phosphotyrosine proteomics in cells synchronized at monopolar cytokinesis reveals EphA2 as functioning in cytokinesis. Exp Cell Res. 2023 Nov 1;432(1):113783.
  6. Nojima Y, Aoki M, Re S, Hirano H, Abe Y, Narumi R, Muraoka S, Shoji H, Honda K, Tomonaga T, Mizuguchi K, Boku N, Adachi J. Integration of pharmacoproteomic and computational approaches reveals the cellular signal transduction pathways affected by apatinib in gastric cancer cell lines. Comput Struct Biotechnol J. 2023, Mar 15;21:2172-2187.
  7. Neriya Y, Kojima S, Sakiyama A, Kishimoto M, Iketani T, Watanabe T, Abe Y, Shimoda H, Nakagawa K, Koma T, Matsumoto Y. A comprehensive list of the Bunyavirales replication promoters reveals a unique promoter structure in Nairoviridae differing from other virus families. Sci Rep. 2022 Aug 9;12(1):13560.
  8. Kajiwara K, Chen PK, Abe Y, Okuda S, Kon S, Adachi J, Tomonaga T, Fujita Y, Okada M. Src activation in lipid rafts confers epithelial cells with invasive potential to escape from apical extrusion during cell competition. Curr Biol. 2022 Jul 1:S0960-9822(22)01000-4.
  9. Adachi J, Kakudo A, Takada Y, Isoyama J, Ikemoto N, Abe Y, Narumi R, Muraoka S, Gunji D, Hara Y, Katayama R, Tomonaga T. Systematic identification of ALK substrates by integrated phosphoproteome and interactome analysis. Life Sci Alliance. 2022 May 4;5(8):e202101202.
  10. Hirano H, Abe Y, Nojima Y, Aoki M, Shoji H, Isoyama J, Honda K, Boku N, Mizuguchi K, Tomonaga T, Adachi J. Temporal dynamics from phosphoproteomics using endoscopic biopsy specimens provides new therapeutic targets in stage IV gastric cancer. Sci Rep. 2022 Mar 25;12(1):4419
  11. Shimizu Y, Okada K, Adachi J, Abe Y, Narumi N, Uchibori K, Yanagitani N, Koike S, Takagi S, Nishio M, and Fujita N, Katayama R. GSK3 inhibition circumvents and overcomes acquired lorlatinib resistance in ALK-rearranged non-small-cell lung cancer. NPJ Precis Oncol. 2022 Mar 17;6(1):16.
  12. Nagatake T, Kishino S, Urano E, Murakami H, Kitamura N, Konishi K, Ohno H, Tiwari P, Morimoto S, Node E, Adachi J, Abe Y, Isoyama J, Sawane K, Honda T, Inoue A, Uwamizu A, Matsuzaka T, Miyamoto Y, Hirata SI, Saika A, Shibata Y, Hosomi K, Matsunaga A, Shimano H, Arita M, Aoki J, Oka M, Matsutani A, Tomonaga T, Kabashima K, Miyachi M, Yasutomi Y, Ogawa J, Kunisawa J. Intestinal microbe-dependent ω3 lipid metabolite αKetoA prevents inflammatory diseases in mice and cynomolgus macaques. Mucosal Immunol. 2022 Jan 10. doi: 10.1038/s41385-021-00477-5.
  13. Matsui Y, Abe Y, Uno K, Miyano S. RoDiCE: robust differential protein co-expression analysis for cancer complexome. Bioinformatics. 2021 Sep 16;btab612
  14. Dayde D, Gunther J, Hirayama Y, Weksberg DC, Boutin A, Parhy G, Aguilar-Bonavides C, Wang H, Katayama H, Abe Y, Do KA, Hara K, Kinoshita T, Komori K, Shimizu Y, Tajika M, Niwa Y, Wang YA, DePinho R, Hanash S, Krishnan S, Taguchi A. Identification of Blood-Based Biomarkers for the Prediction of the Response to Neoadjuvant Chemoradiation in Rectal Cancer. Cancers (Basel). 2021 Jul 20;13(14):3642.
  15. Monoe Y, Jingushi K, Kawase A, Hirono T, Hirose R, Nakatsuji Y, Kitae K, Ueda Y, Hase H, Abe Y, Adachi J, Tomonaga T, Tsujikawa K. Pharmacological Inhibition of miR-130 Family Suppresses Bladder Tumor Growth by Targeting Various Oncogenic Pathways via PTPN1. Int J Mol Sci. 2021 Apr 29;22(9):4751.
  16. Onidani K, Miura N, Sugiura Y, Abe Y, Watabe Y, Kakuya T, Mori T, Yoshimoto S, Adachi J, Kiyoi T, Kabe Y, Suematsu M, Tomonaga T, Shibahara T, Honda K, Possible therapeutic strategy involving the purine synthesis pathway regulated by ITK in tongue squamous cell carcinoma. Cancers (Basel), 2021 Jul 2;13(13):3333.
  17. Nagatake T, Shibata Y, Morimoto S, Node E, Sawane K, Hirata SI, Adachi J, Abe Y, Isoyama J, Saika A, Hosomi K, Tomonaga T, and Kunisawa J. 12-hydroxyeicosapentaenoic acid inhibits foam cell formation and ameliorates high-fat diet-induced pathology of atherosclerosis in mice. Sci Rep, 2021 May 17;11(1):10426.
  18. Sugimoto A, Abe Y, Watanabe T, Hosokawa K, Adachi J, Tomonaga T, Iwatani Y, Murata T, and Fujimuro M. The FAT10 post-translational modification is involved in the lytic replication of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus. J Virol, 2021 Feb 24;95(10):e02194-20.
  19. Saika A, Nagatake T, Hirata S, Sawane K, Adachi J, Abe Y, Isoyama J, Morimoto S, Node E, Tiwari P, Hosomi K, Matsunaga A, Honda T, Tomonaga T, Arita M, Kabashima K, and Kunisawa J. ω3 fatty acid metabolite, 12-hydroxyeicosapentaenoic acid, alleviates contact hypersensitivity by downregulation of CXCL1 and CXCL2 expression in keratinocytes through retinoid X receptor. FASEB Journal, 2021, 35:e21354.
  20. Myojin Y*, Kodama T*, Maesaka K, Motooka D, Sato Y, Tanaka S, Abe Y, Ohkawa K, Mita K, Hayashi Y, Hikita H, Sakamori R, Tatsumi T, Taguchi A, Eguchi H, and Takehara T. ST6GAL1 is a novel serum biomarker for lenvatinib-susceptible FGF19-driven hepatocellular carcinoma. Clin Cancer Res, 2021, 27:1150–61 *These authors contributed equally to this work
  21. Abe Y, Adachi J, Tomonaga T. Comprehensive Characterization of the Phosphoproteome of Gastric Cancer from Endoscopic Biopsy Specimens. Proteome Letters 2021; 6: 49 (Review)
  22. Hirata SI, Nagatake T, Sawane K, Hosomi K, Honda T, Ono S, Shibuya N, Saito E, Adachi J, Abe Y, Isoyama J, Suzuki H, Matsunaga A, Tomonaga T, Kiyono H, Kabashima K, Arita M, Kunisawa J. Maternal ω3 docosapentaenoic acid inhibits infant allergic dermatitis through TRAIL-expressing plasmacytoid dendritic cells in mice. Allergy. 2020 Aug;75(8):1939-1955.
  23. Abe Y, Hirano H, Shoji H, Tada A, Isoyama J, Kakudo A, Gunji D, Honda K, Boku N, Adachi J, Tomonaga T. Comprehensive characterization of the phosphoproteome of gastric cancer from endoscopic biopsy specimens. Theranostics 2020, 10(5):2115-2129.
  24. Sawane K, Nagatake T, Hosomi K, Hirata S, Adachi J, Abe Y, Isoyama J, Suzuki H, Matsunaga A, Fukumitsu S, Aida K, Tomonaga T, Aria M, Kunisawa J. Dietary Omega-3 Fatty Acid Dampens Allergic Rhinitis via Eosinophilic Production of the Anti-Allergic Lipid Mediator 15-Hydroxyeicosapentaenoic Acid in Mice. Nutrients 2019, 11(12), 2868
  25. Tiwari P, Nagatake T, Hirata SI, Sawane K, Saika A, Shibata Y, Morimoto S, Honda T, Adachi J, Abe Y, Isoyama J, Tomonaga T, Kiyono H, Kabashima K, Kunisawa J. Dietary coconut oil ameliorates skin contact hypersensitivity through mead acid production in mice. Allergy. 2019, 74:1522–1532
  26. Sato Y#, Watanabe T#, Suzuki C, Abe Y, Masud HMAA, Inagaki T, Yoshida M, Suzuki T, Goshima F, Adachi J, Tomonaga T, Murata T, Kimura H. S-Like-Phase Cyclin-Dependent Kinases Stabilize the Epstein-Barr Virus BDLF4 Protein To Temporally Control Late Gene Transcription. J Virol. 2019, Apr 3;93(8). #These authors contributed equally to this work
  27. Abe Y, Tada A, Isoyama J, Nagayama S, Yao R, Adachi J, Tomonaga T.
    Improved phosphoproteomic analysis for phosphosignaling and active-kinome profiling in Matrigel-embedded spheroids and patient-derived organoids. Sci Rep. 2018 Jul 30;8(1):11401.
  28. Abe Y, Nagano M, Kuga T, Tada A, Isoyama J, Adachi J, Tomonaga T.
    Deep Phospho- and Phosphotyrosine Proteomics Identified Active Kinases and Phosphorylation Networks in Colorectal Cancer Cell Lines Resistant to Cetuximab. Sci Rep. 2017 Sep 5;7(1):10463.
  29. Abe Y, Nagano M, Tada A, Adachi J, Tomonaga T.
    Deep Phosphotyrosine Proteomics by Optimization of Phosphotyrosine Enrichment and MS/MS Parameters. J Proteome Res. 2017 Feb 3;16(2):1077-1086.
  30. Hijikata, M., Abe Y, Chayama K. Molecular mechanism of infectious HCV particle production. Nihon Rinsho. 2015 Dec; 73 Suppl 9:98-103 (Review)
  31. Abe Y, Aly HH, Hiraga N, Imamura M, Wakita T, Shimotohno K, Chayama K, Hijikata M. Thromboxane A2 synthase inhibitors prevent production of infectious hepatitis C virus in mice with humanized livers. Gastroenterology. 2013 Sep;145(3):658-67.e11.
  32. Fraune S, Abe Y, Bosch TC.
    Disturbing epithelial homeostasis in the metazoan Hydra leads to drastic changes in associated microbiota. Environ Microbiol., 2009 Sep; 11(9):2361-9.

外部資金獲得実績(研究代表のみ)

  1. 2024年4月－2027年3月　日本学術振興会基盤C
    「翻訳後修飾/ゲノム変異依存的な抗原-抗体複合体プロテオーム手法の開発」
  2. 2022年5月－2024年3月　日本医療研究開発機構・次世代癌医療加速化研究事業・次世代PI育成枠（探索研究フェーズ）
    「ハイスループット自己抗原プロテオミクスによる膵癌特異的抗原の同定と早期診断マーカーパネルの構築」
  3. 2021年8月－2022年3月　愛知県がん研究振興会
    「転移性大腸癌においてプロテオームレベルの制御を受ける癌免疫逸脱機構の解析」
  4. 2020年8月－2021年3月　愛知県がん研究振興会
    「患者癌組織移植マウスモデルの多層プロテオミクス解析による、転移性大腸癌を克服する新規分子標的の探索」
  5. 2020年4月－2023年3月　日本学術振興会基盤C
    「難治がん検体からのNon-coding region由来マイクロペプチドーム測定」
  6. 2020年4月－2023年3月　日本医療研究開発機構・肝炎等克服緊急対策研究事業・若手育成枠
    「NASH 肝癌マウスモデルの超高感度マルチオミクス解析による革新的診断マーカー・治療標的の探索」
  7. 2020年4月－2021年3月　堀科学芸術振興財団
    「がん検体から非翻訳領域由来マイクロペプチドを網羅的測定できる超高感度カスタムパイプライン構築」
  8. 2020年4月－2021年3月　中富科学技術財団
    「網羅的な自己抗体プロファイルに基づく肺癌免疫療法に対する治療効果予測法の開発」
  9. 2019年8月－2020年4月　愛知県がん研究振興会
    「超高感度リン酸化プロテオミクスによるM1/M2マクロファージ分化機構の解明と、腫瘍関連マクロファージリプログラミング治療への応用」
  10. 2018年9月－2020年3月　武田科学振興財団医学系研究助成
    「がん複雑性を攻略する細胞選択的リン酸化プロテオームの構築」
  11. 2017年4月－2018年3月　大阪大学微生物病研究所共同研究資金
    「大規模チロシンリン酸化プロテオミクス解析によるSrcキナーゼシグナル伝達の解明」
  12. 2017年4月－2019年3月　日本学術振興会若手B
    「高深度キノーム解析による淡明腎細胞癌分子標的薬感受性マーカーの同定と耐性克服」
  13. 2016年4月－2017年3月　大阪大学微生物病研究所共同研究資金
    「大規模チロシンリン酸化プロテオミクス解析によるSrcキナーゼシグナル伝達の解明」
  14. 2015年4月－2017年3月　日本学術振興会若手B
    「高変異型RNAウイルスのゲノム変異に影響されない治療標的探索システムの構築」
  15. 2012年4月－2014年2月　日本学術振興会特別研究員奨励費
    「C型肝炎ウイルスの感染性を制御する細胞内分子メカニズムの解明」
  16. 2011年4月－2012年3月　藤原記念財団
    「C型肝炎ウイルス生活環における感染性粒子形成の解析」