タンパク質パラメータの計算

アミノ酸配列の取得

最初に、分子量を決定したいタンパク質のアミノ酸配列を用意しないといけない。 アミノ酸配列は基本的に1文字表記のテキストファイルである。以下では、配列が わからないとしてwebで検索して取得する。

  1. NCBIのProetin database (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein)にアクセスする。

    ../_images/seq1.png

  2. 検索したいタンパク質名を英語で入力する。その際、どの生物種由来かを明示すること。 この例では bovine serum albumin と入力。この場合は、候補者リストの中からPDBファイルの配列を選択した。 PDBファイルは多くの場合、結晶化のためにHis-タグ等がついていたり、欠損している場合もあるので通常は回避する。 このPDBファイルは全配列が結晶化されているので問題ない。

    ../_images/seq2.png

  3. 選択するとそのタンパク質に関わる様々な情報が表示される。 FASTA をクリックしてFASTAファイルを表示させる。 FASTAはアミノ酸配列の最も一般的なファイル形式である。

    ../_images/seq3.png

  4. 配列を別ファイルに保存する。 最初の行はファイルの説明でなので、配列部分のみをコピーする。

    ../_images/seq4.png

吸光係数の算出

吸光係数は PROTPARAM （http://web.expasy.org/protparam/）web serverを用いて計算する。

  1. 入力画面で1文字アミノ酸配列を枠内にペーストして Compute parametes をクリックする。

    ../_images/seq5.png

  2. 様々なタンパク質パラメータが計算されるが、ここでは吸光度係数、 Extinction coefficients に着目する。 吸光係数は2種類表示されるが、上の段は通常のタンパク質の状態、下の段は還元性環境（細胞内）状態での値である。 ここでは上の段の値 0.646 を取得する。ちなみにBSAの実験による吸光係数は 0.667 である。

    ../_images/seq6.png

    この値は光路長1cmで波長280nm、濃度1mg/mlの時の吸収が 0.646 ということになる。

偏比容の算出

偏比容は NucProt （http://www.molmovdb.org/cgi-bin/psv.cgi）を使用して計算する。

  1. 入力画面でラジオボタンの Protein only を選択する。そして、配列ボックスに配列をペーストすし、 "送信”をクリックする。

    ../_images/seq7.png

  2. 計算結果が表示される。先ほどの吸光係数とあわせcsvファイルに保存しておくとよい。

    ../_images/seq8.png
BSAのパラメーター
Length 583 residues
Volume 81383.4 A^3
Weight 66446.7 Da
PSV 0.7376 mL/g
\(\rm{A_{280nm}^{1mg/ml}}\) 0.646  
pI 5.6