電顕画像解析ソフト EMAN2 使い方メモ

要旨：

電顕写真の解析をするためのソフトである EMAN2 の使い方の概要を説明するとともに気のついた点を記す。 バージョンについては、ver2.31ではなく、ver2.22のマニュアルを参照していたため、微妙に異なる点が数カ所あるので注意が必要である。 基本的に、負染色の解析に関してはチュートリアルでもきちんとした情報がなく、 しかも電顕入門者が書いたメモなので間違いがあると思われるがその点はご容赦いただきたい。

本家様のURL:

https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/Tutorials

EMAN2 のreference:

7. Tang, L. Peng, P.R. Baldwin, D.S. Mann, W. Jiang, I. Rees & S.J. Ludtke. (2007) EMAN2: an extensible image processing suite for electron microscopy. J Struct Biol. 157 , 38-46.

• はじめに
  • 準備
    • EMAN2 のインストール
    • EMAN2 の実行前の環境設定
    • PCのspeed test
    • 使用する電顕画像
    • 作業ディレクトリの準備
• チュートリアル
  • 準備
    • チュートリアルデータのダウンロード
  • EMAN2 の起動
    • プロジェクトマネージャ e2projectmanager.py の起動
    • パラメータの設定
  • データの取り込み
    • 一括で取り込む場合
    • 選択して取り込む e2valimage.py
  • 電顕写真から粒子の抽出 e2boxer.py
    • .box ファイルより粒子の抽出
    • e2boxer.py による粒子の抽出
    • 結果の確認
  • データの補正 e2ctf_auto.py
    • 補正の確認 e2ctf.py
  • データセットの編成 e2buildsets.py
  • 3次元モデリング
    • クラス平均の生成 e2refine2d_bispec.py
    • クラス平均の取捨選択
      • 不良粒子の一部を除去 e2valparticles.py
      • 良好なクラス平均の選択
    • 初期モデルの作成 e2initialmodel.py
      • 最適な初期モデルの選択
        • 1. まず、 model_NN_MM.aptcle.hdf を確認する
        • 2. 次に、 model_NN_MM.proj.hdf を確認する
        • 3. 最後に、　model_NN_MM.hdf を確認する
    • 三次元モデルの精密化
• フィラメントタンパク質複合体の解析
  • データの準備
    • 電顕画像の保存
    • 電顕画像のフィルタリング
  • EMAN2 の起動
    • プロジェクトマネージャーの起動
    • パラメータの設定
  • 繊維像の抽出、スタック画像の作成 e2helixboxer.py
  • データのマニュアルCTF補正 e2ctf.py
  • データセットの編成 e2buildsets.py
  • 二次元平均像の作成
    • クラス平均の取捨選択
    • 初期モデルの作成
    • 最適な初期モデルの選択
    • これ以降の流れ
• その他のプログラム等

./2_DC327_oligomer/DC327_oli