植物分子生理学研究室
Lab for Plant Molecular Physiology, Fac Appl Biol Sci, Gifu University
山本研究室
ニュース （過去のニュースはこちら）
【告知】ワークショップとシンポジウム
日本分子生物学会でのシンポジウム（11/28, 福岡）
シンポジウム題目：種内多様性の分子基盤や成立過程の解明へ向けて
オーガナイザー：Fawcett Jeffrey (RIKEN iTHEMS)
（山本講演します）
遺伝学会でのワークショップ（9/4-6, 高知）
ワークショップ題目：細胞内共生と細胞進化を支えるゲノム機能とその変遷
世話人： 山本義治（岐阜大）、遊佐陽一（奈良女子大）
（山本講演しません）
【研究室訪問】4/4
JAMSTEC井町研究室を訪問しました（山本）。共同研究の打合せ、ではなく純粋な情報蒐集の訪問です：） ついでに関東学院大学近藤陽一研究室も訪問しました。
【研究室設備】3/8 新サーバー
名称：loon
メモリ256GB（Elkと変わらず）
導入ツール：abyss, bcftools, bedtooks2, bioconductor, bioperl, biopython, bioruby, blast, blat, bowtie2, bwa, bwa-mem2, canu, circos, clustal-omnega, cufflinks, cutadapt, cytospace, deeptools, fastp, fastqc, fastx_toolkit, flexbar, flye, freebayes, gatk, hisat2, igv, interproscan, kallisto, macs2, mafft, minimap2, picard, pilon, plink2, ribont, ribort, ribotaper, ribotish, salmon, samtools, seqkit, seurat, snpeff, dpades, sratoolkit, star, stringtie, subread, trimgalore, trimmomatic, trinity, varscan, fcftools, wtdbfg2.
PacBioデータ用SMRTLinkはブラウザ経由で使います。
旧サーバーElkは廃棄予定。
【研究室】1/9 年初めの学生部屋
全力で卒論に向かう学生：）
進行中の共同研究プロジェクト
・「ゴムノキのPestalotiopsis菌広域感染を防止するための多角的駆除」（ SATREPS プロジェクト（JICA-JSTの2省間連携プロジェクト）、代表：松井南（理化学研究所資源環境科学研究センター）、山本研は分担、2021-2026)
・ラオス黒米のフラボノイド生合成調節機構の解析（JIRCASとの共同研究、山本研は分担、2022-）
・植物プロモーターデータベース ppdb
JD担当ラボです インド工科大学グワハティ校とのジョイントディグ
リープログラム（修士、博士課程、学費免除！）の担当ラボです。
詳細は山本まで。
Highly Cited Researchers of Gifu University
