3.3.1. SHAPESの実行¶

まずは必要なモジュールをインポートする

[1]:

import shapes_main as shp
import tkinter
from tkinter import messagebox as tkMessageBox
from tkinter import filedialog as tkFileDialog
from tkinter import simpledialog as tkSimpleDialog

実際にSHAPESを実行してみる。

shapes_main.py と shapes_module.py を同一ディレクトリにいれておき、 shapes_main.py をcallする。

入力：num_symm、num_aa,num_sols、nbeads、inFile(GNOMアウトファイル)

出力：ビーズモデル(pdbファイル)、散乱強度(datファイル)、動径分布関数(datファイル)、偏比容ビーズモデル(pdbファイル)

出力はビーズモデルだけでなく、ビーズモデルをタンパク質の体積で整形した偏比容ビーズモデルがある。プログラムは、あらかじめ出力を格納する

[ ]:

root=tkinter.Tk()
root.withdraw()

### default parameters ###
aList_summary=[]
bias_z=0.0
inflate=1.0

surface_scale=0.0
starting_pdb='no'
pdbfile_in='none'
##########################

prefix='6lyz_'
num_symm=1 #対称性
num_aa=1.0 #スケール係数
num_sols=10 #試行回数
nbeads=129 #アミノ酸数
inFile=tkFileDialog.askopenfilename(title='Open GNOM file',filetypes=[("アウトファイル","*.out")])
print("GNOM file:",inFile)
shp.main(aList_summary,nbeads,num_sols,num_aa,num_symm,bias_z,inflate,prefix,surface_scale,starting_pdb,inFile,pdbfile_in)

[ ]:

GNOM file: /media/fujisawa/2124879b-e9d4-4135-8fd5-9b114fd41989/home/backup/gifu_19/grad/SAXS_WG/report/source/M_M/6lyz.out
Program: SHAPES version 1.3
Author: John Badger
Copyright: 2019, John Badger
License: GNU GPLv3
Number of runs: 1
Number of amino acids: 129
Input P(r) file name: /media/fujisawa/2124879b-e9d4-4135-8fd5-9b114fd41989/home/backup/gifu_19/grad/SAXS_WG/report/source/M_M/6lyz.out
Scale aa to bead count: 1.0
Point symmetry: 1
Z-axis bias: 0.0
PSV inflation factor: 1.0
Number of points read from P(r): 113
Grid sampling: 0.4464 Dmax: 50.0
Number of intensity data points read: 200

Reconstruction trial: 1
Number of beads randomly placed: 129
Minimize energy of initial positions
Emin cycle: 0 Energy: 89797276708.35
Emin cycle: 10 Energy: 997.36
Emin cycle: 20 Energy: 233.82
Initial rms P(r): 0.453
Target volume: 2.30 Actual volume: 2.14 Beads outside volume: 0
                :
               略
                :
Target volume: 1.15 Actual volume: 1.14 Beads outside volume: 2

Final model statistics
Delta P(r): 0.093
VDW energy: -1.34
Final PSV of protein envelope: 1.08
Rvalue: 0.021 CHI-squared: 221.934
Output intensity file: 6lyz_intensity_1.dat

Completion time: Fri Apr 10 17:13:01 2020

            これが10回続く

実行の結果はprefixを6lyz_としたので

6lyz_intensity_#.dat： \(I_{fit}(q)\)
6lyz_pr_calc_#.dat： \(P(r)\)
6lyz_beads_#.dat: ビーズモデル
6lyz_psv_shape_#.dat：偏比容ビーズモデル

が生成される。#は番号を表す。