loon

 

ゲノム解析サーバー2 (非公開、イントラのみ)

loon: 2024.3.8導入

16 core, memory 256GB(elkと変わらず), SSD 1.9TB, HDD 1TB


付属ツール2023:abyss, bcftools, bedtooks2, bioconductor, bioperl, biopython, bioruby, blast, blat, bowtie2, bwa, bwa-mem2, canu, circos, clustal-omnega, cufflinks, cutadapt, cytospace, deeptools, fastp, fastqc, fastx_toolkit, flexbar, flye, freebayes, gatk, hisat2, igv, interproscan, kallisto, macs2, mafft, minimap2, picard, pilon, plink2, ribont, ribort, ribotaper, ribotish, salmon, samtools, seqkit, seurat, snpeff, dpades, sratoolkit, star, stringtie, subread, trimgalore, trimmomatic, trinity, varscan, fcftools, wtdbfg2.



ログイン後はmoduleで各ツール用のパスをひとつづつ通してから使う(詳細はマニュアル参照のこと、ログアウトするとパス設定は消える)。ユーザーの.bashrcに書いておくとラク。


ユーザースペースはHDD。ワークスペースのSSD導入は来年度考えます。




<旧サーバーelkは廃棄予定24.3.8>

次世代シーケンサーデータ解析用公開サーバー  

elk: 2013.3.4導入

CPU: 8-core Xeon E5-2670 x 2

Memory: 256GB

HDD: 18TB

SSD: 480GB

 *SSDはスクラッチ用に入れました、御自由にお使い下さい。作業後はHDにデータを移して下さい。2日たったファイルは作成者に関わらず誰でも消去可というルールにします。よろしくお願いします。

2018までの利用者は古いRSAキーをファイルから消去して下さい。Macですと、/Users/ユーザー名/.ssh/known_hostsというファイルに書かれています。ファイル中の該当IPとキーを両方消去してオーバーライトして下さい。


設置場所:連農6階 セミナー室奥の準備室


IP: 133.66.16.28

(変更しました 2017.9.10)


付属ソフト2019:

mpich  openmpi  pvm  mvapich2 

java  perl  python2  python3  R  ruby

abyss  allpathslg  bedtools2  Bioconductor  Biojava4  bioperl  biopython  bioruby  blat  bowtie  bowtie2  breakdancer bwa  canu  clustal-omega  cufflinks  cutadapt  Cytospace  defuse  Edena  EMBOSS  FastQC  fastx_toolkit  HTSeq  IGV  JBrowse  MACS2  MEGAN  mira  NCBI-BLAST+  picard-tools  Platanus  quiime2  sailfish  samtools snpEff  soap  SOAPdenovo2  SplAdder  SRA_Toolkit  STAR  tophat  tophat2  Trimmomatic  trinityrnaseq  VarScan  vcftools  velvet 

Anaconda


インストール情報  pdf



マニュアル

grid scheduler pdf



利用希望者は山本まで御連絡下さい(学内利用のみ)。
















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