ゲノム解析サーバー２ （非公開、イントラのみ）

loon: 2024.3.8導入

16 core, memory 256GB（elkと変わらず）, SSD 1.9TB, HDD 1TB

付属ツール2023：abyss, bcftools, bedtooks2, bioconductor, bioperl, biopython, bioruby, blast, blat, bowtie2, bwa, bwa-mem2, canu, circos, clustal-omnega, cufflinks, cutadapt, cytospace, deeptools, fastp, fastqc, fastx_toolkit, flexbar, flye, freebayes, gatk, hisat2, igv, interproscan, kallisto, macs2, mafft, minimap2, picard, pilon, plink2, ribont, ribort, ribotaper, ribotish, salmon, samtools, seqkit, seurat, snpeff, dpades, sratoolkit, star, stringtie, subread, trimgalore, trimmomatic, trinity, varscan, fcftools, wtdbfg2.

ログイン後はmoduleで各ツール用のパスをひとつづつ通してから使う（詳細はマニュアル参照のこと、ログアウトするとパス設定は消える）。ユーザーの.bashrcに書いておくとラク。

ユーザースペースはHDD。ワークスペースのSSD導入は来年度考えます。

＜旧サーバーelkは廃棄予定24.3.8＞

次世代シーケンサーデータ解析用公開サーバー 　

elk: 2013.3.4導入

CPU: 8-core Xeon E5-2670 x 2

Memory: 256GB

HDD: 18TB

SSD: 480GB

　*SSDはスクラッチ用に入れました、御自由にお使い下さい。作業後はHDにデータを移して下さい。２日たったファイルは作成者に関わらず誰でも消去可というルールにします。よろしくお願いします。

2018までの利用者は古いRSAキーをファイルから消去して下さい。Macですと、/Users/ユーザー名/.ssh/known_hostsというファイルに書かれています。ファイル中の該当IPとキーを両方消去してオーバーライトして下さい。

設置場所：連農６階　セミナー室奥の準備室

IP: 133.66.16.28

（変更しました 2017.9.10）

付属ソフト2019：

mpich  openmpi  pvm  mvapich2 

java  perl  python2  python3  R  ruby

abyss  allpathslg  bedtools2  Bioconductor  Biojava4  bioperl  biopython  bioruby  blat  bowtie  bowtie2  breakdancer bwa  canu  clustal-omega  cufflinks  cutadapt  Cytospace  defuse  Edena  EMBOSS  FastQC  fastx_toolkit  HTSeq  IGV  JBrowse  MACS2  MEGAN  mira  NCBI-BLAST+  picard-tools  Platanus  quiime2  sailfish  samtools snpEff  soap  SOAPdenovo2  SplAdder  SRA_Toolkit  STAR  tophat  tophat2  Trimmomatic  trinityrnaseq  VarScan  vcftools  velvet 

Anaconda

インストール情報　 pdf

マニュアル

・grid scheduler pdf

利用希望者は山本まで御連絡下さい（学内利用のみ）。

<script type="text/javascript">

  var _gaq = _gaq || [];

  _gaq.push(['_setAccount', 'UA-40154169-1']);

  _gaq.push(['_trackPageview']);

  (function() {

    var ga = document.createElement('script'); ga.type = 'text/javascript'; ga.async = true;

    ga.src = ('https:' == document.location.protocol ? 'https://ssl' : 'http://www') + '.google-analytics.com/ga.js';

    var s = document.getElementsByTagName('script')[0]; s.parentNode.insertBefore(ga, s);

  })();

</script>

Highly Cited Researchers of Gifu University