・2022 ~2026 「ラオス産黒米を用いたイネ本来の環境応答メカニズムの研究」 文科省科学研究費補助金：基盤研究（B）　分担（代表：圓山恭之進（JIRCAS））

・2021 ~2026　「ゴムノキ葉枯れ病防除のための複合的技術開発」 科学技術振興機構（JST）& 国際協力機構（JICA）: 地球規模課題対応国際科学技術協力プログラム（SATREPS）　分担（代表：松井南（理研））

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・2021 ~2024 「種内ナチュラルバリエーションを用いた植物プロモーターの進化的側面の解明」 文科省科学研究費補助金：基盤研究（C）　代表

・2019 ~2022　「有用根圏細菌処理により植物に誘導される青枯病菌排除現象の分子機構解明」 文科省科学研究費補助金：基盤研究（B）　分担（代表：清水将文（岐阜大））

・2012 ~ 2017　「植物バイオマス生産高度化のための合成プロモーター作出」科学技術振興機構：先端的低炭素化技術開発・プロジェクトステージ　代表

・2011 ~ 2015　「ゲノム情報科学に基づく環境応答性プロモーターの動作原理の還元論的解析」文科省科学研究費補助金：新学術領域研究（植物環境感覚）　公募・代表

・2012 ~2014　「シロイヌナズナ全ゲノム相関解析のハイスループット化のための試験的研究」 文科省科学研究費補助金：挑戦的萌芽研究　代表

・2010 ~ 2014　「システム生物学によるSTOP1転写制御系の理解と分子育種基盤の構築」文科省科学研究費補助金：基盤研究（Ａ）　分担

・2010 ~ 2014　「遺伝子マーカーを用いた植物に基礎抵抗性をもたらす微生物群集の機能解明」文科省科学研究費補助金：基盤研究（Ｂ）　分担

・2012 ~ 2013　「バイオインフォマティクス研究グループ形成」岐阜大学大学活性化経費グループ形成支援（代表）

・2011 ~ 2012　「植物バイオマス生産高度化のための合成プロモーター作出」科学技術振興機構：先端的低炭素化技術開発・探索ステージ　代表

・2011 ~ 2012　「植物統合プロモーターデータベース」 文科省科学研究費補助金：研究成果公開促進費（データベース）　代表

・2011 ~ 2012　「樹木育種高度化のためのプロモーター解析とデータベース作成」中部電気利用基礎研究振興財団：研究助成　代表

・2009 ~ 2010　岐阜大学：大学活性化経費　代表

・2009 ~ 2010　「樹木の環境ストレス応答メカニズムの解明による果樹の温暖化対策技術開発」岐阜連合農学研究科：教育研究活性化経費　分担

・2009 ~ 2011　「次世代シークエンサーを用いた高等植物の高密度転写開始点解析」住友財団基礎：科学研究助成　代表

・2009 ~ 2010　「シンビオジェネシスの基礎となるプロモーター獲得原理の解明」文科省学科学研究費補助金：特定領域研究（比較ゲノム）　分担

・2009 ~ 2010　「ミヤコグサの土壌イオンストレス耐性遺伝子の探索とデータベース構築」文科省学科学研究費補助金：基盤研究（Ｂ）　分担

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Highly Cited Researchers of Gifu University