gnuplotはデフォルトでは自動的にグラフの目盛り幅などを決める. atomeyeなどの原子配置ポジションと一致させたいときは二次元グラフはset size ratio -1だが 3次元のsplotではset view equal xyzとする
xy面に投影した,不安定モードの時間変化アニメーション
動画作成スクリプトのfortranプログラム
上記のプログラムだと,途中で負の原子がなくなるようなときに使いにくいためawkで作成する
【追記】データが間引かれるので,負の原子が存在しないときには(-1,-1,-1)に0,0,0のベクトル出力した ダミーデータをプロットする
- ls *.sl > listとして *******.slファイルのリストを作る
- gawk -f make-scr.awk list > gnuplot.scrとしてawkでgnuplotのスクリプト作成
3次元でのアニメーションと,近い視点で作成したatomeye動画
atomeyeの視点は数値で入力できないので完全に一致させることは難しい
動画作成スクリプトのfortranプログラム
3D用のawkスクリプト