gnome-util

PrtScnボタンでスクリーンショットを取るためにはgnome-utilsをインストール

yum install gnome-utilsでインストール可能

gedit

GUIのテキストエディタ

yum install gedit

gnuplot

とりあえずエネルギー変化を画面上で見るために。linuxのグラフソフト

yum install gnuplot

データファイルがあるディレクトリ上で、端末上でgnuplotと入力し起動

上のようなコマンド入力画面になるので、例えばenergy2.datファイルの7列目データをx軸、6列目データをy軸で表示したい場合は
p 'energy2.dat' u 7:6 w l
と入力する(pはplot, w l はwith lineの略)

GIMP

photoshopに匹敵する画像処理ソフト

yum install gimp

atomeye

原子ビューワー。xwindow上で起動するにはまずxtermが必要。

yum install xterm

atomeyeのダウンロードページ→で 実行ファイルをダウンロードし、スーパーユーザー権限でcp A.i686 /usr/local/bin/Aeye とコピーし、 chmod +x /usr/local/bin/Aeyeとして実行可能にする。/usr/local/binは実行パスなので 任意の作業ディレクトリから Aeye [cfgファイル]として実行可能

Atomeyeのページにある, 動画作成のスクリプト例→を CentOSで実行させるにはmencoder, ImageMagickのインストールが必要.

mencoder

atomeyeで出力した連番jpgファイルをlinux上でmpegにするのに必要なソフト.CentOS6へのインストールはちょっと複雑.
下記URLに詳細が書かれています.リンク切れ対策に転載させていただきます.

http://mrs.suzu841.com/mini_memo/numero_19.html

ImageMagick

スクリプトvidcompressの中で,
geometry=`identify -verbose $JPEG_DIR/$jpgfile | grep Geometry | cut -d: -f2`
として画像サイズ情報を取得しているが,identifyコマンドはImageMagickのインストールが必要.
yum -y install ImageMagick