Atomeyeの使い方


ご存知Ju Liによる可視化ソフト．
CNA解析，von Mises shear strainなど自動的に計算してくれるし いろんな面で切断したり，その状態で動画作れたりとすごくパワフル．
ただ，二元系で「CNA解析＋元素違いでの可視化」などはできない （出来るのかもしれないがやり方わからん）ので注意．

atomeye2のページ
atomeye3のページ
以下にatomeye2の使用方法を説明する．

必要環境，ソフト


他のLinux計算機上のデータを，手元のLinux計算機のX-window上で見る方法

手元のLinux計算機の端末上で，ssh -X でリモートログインする． 
	[mdcalc@univ2015-1 ~]$ ssh -X mdcalc@192.168.3.171　（ユーザー名@リモート計算機のIPアドレス）
	mdcalc@192.168.3.171's password: 
	Last login: Mon Aug 17 11:17:52 2015 from 192.168.3.170
次のように環境変数を設定する． 
	[mdcalc@univ2015-2 ~]$ export DISPLAY=127.0.0.1:10.0

この例では，192.168.3.170のuniv2015-1から192.168.3.171のuniv2015-2にsshでログインし， univ2015-2上でatomeyeを実行するがその画面は手元のuniv2015-1上で表示される．

これだけは知っとけ！cfgフォーマット

先頭の空白は許されない
fortran使いでの最初のトラップがこれ．atomeyeのページを読んで準備してもエラーがでる．
理由は「先頭に空白があるとＮＧ」
なのでfortranではイチイチ書式指定しなければならない．

全方向周期境界が強制
少ない原子を表示するとめちゃくちゃに表示される
表面とか作りたいなら，セルサイズを1.5倍とかにして空白作ること

セルサイズlx, ly, lz，z方向周期境界なし， 原子数nの鉄原子データのfortranでのcfgファイル作成プログラム例
open(100,file="check.cfg")
write(100,'(A22,I8)') 'Number of particles = ',n
write(100,'(A16)') 'A = 1.0 Angstrom'
dmy=0.0
write(100,'(A10,F10.5,A2)') 'H0(1,1) = ',lx,' A'
write(100,'(A10,F10.5,A2)') 'H0(1,2) = ',dmy,' A'
write(100,'(A10,F10.5,A2)') 'H0(1,3) = ',dmy,' A'
write(100,'(A10,F10.5,A2)') 'H0(2,1) = ',dmy,' A'
write(100,'(A10,F10.5,A2)') 'H0(2,2) = ',ly,' A'
write(100,'(A10,F10.5,A2)') 'H0(2,3) = ',dmy,' A'
write(100,'(A10,F10.5,A2)') 'H0(3,1) = ',dmy,' A'
write(100,'(A10,F10.5,A2)') 'H0(3,2) = ',dmy,' A'
write(100,'(A10,F10.5,A2)') 'H0(3,3) = ',lz*1.5,' A'
write(100,'(A13)') '.NO_VELOCITY.'
write(100,'(A15)') 'entry_count = 3'
write(100,'(A4)') '55.8'
write(100,'(A2)') 'Fe'
do i=1,n
write(100,'(3F10.5)') x(i)/lx,y(i)/ly,z(i)/lz/1.5
end do


Atomeyeの起動

Linuxの場合は実行ファイルをディレクトリに置いて ./A.i686 cfgfile，またはパスの通ったディレクトリに 置いてA.i686 cfgfileで実行するだけ．なので以下はWindowsでの説明．

2015.6注記： cygwin+Xの組み合わせでは，最近はほとんど動きません．エラーメッセージも出ず何も起こりません．
ぐぐっても 海外での同様の質問に「一番いい解決方法は，ubuntu等のUSBでLinuxを起動することだ」などの回答しかなく 誰もwin上でatomeyeを使おうとは思ってないようです
  1. cygwinからstartxと入力してxwindowを立ち上げる．エラーメッセージ出して落ちても，再度挑戦すると立ち上がるなど不安定なときもあり．

    (上のアイコンはノートパソコンの[Fn]キーによるものなので無視してください）
  2. cygwinのホームディレクトリにatomeye関係のファイルを置いて，./A.exe check.cfg と入力して起動． これまた一発目ダメでも二回目ＯＫとか不安定．

  3. Linuxはマウスでwindowサイズ変えられるが，cygwinのx-windowはできないので，可視化画面上でctrl+sを押すと コマンド画面でサイズを聞いてくる．マウスでコマンド画面クリックし数値を入力．
    また，可視化画面上でAlt+hでCentral Symmetry Parameterによる欠陥可視化してくれる．
    図は表面原子，転位，非整合析出物界面が表示されている．なお，整合析出だと析出物の可視化ができない． 誰かやりかた知りませんか？


  4. 回転，移動，切断面の移動，カラーリングの閾値の変化などは， 1〜9？の数字キーを押して（ギアボックス）細かい数値から粗い数値に変えたりできる． 例えば9（だったかな）を押してカーソルキーで回転させると90°ずつ回転し， 1を押すと0.1°とかそんな感じ．詳しくはマニュアル参照．
  5. 可視化画面でshift+1を押すと切断面を聞いてくる． コマンド画面上で「切断面の外向き法線ベクトル」「その原点」を指定する． 上の表面原子を取り除きたいので 0 0 1 0.5 0.5 0.6 と入力すると以下のようになる．

    可視化画面を押してから，shift+右，左で法線ベクトルの上下方向に切断面を動かせる． その移動量は先ほどのギアボックスバリューによって変わる．
    また，可視化画面上でもう一度shift+1を押せば切断前の画面に切り替わる（何回も切替可能）．

  6. Alt+gを押すとvon Mises shear strainを表示する．また，shift+2, 3のように多数の切断面を指定可能． 図は2つの切断面で切った例（間違ってshift+2のy方向断面設定してるが，図では切断表示していない）．

  7. アニメーションを作るには，以下のような内容（読み込むファイル数，ファイル名・出力ファイルのリスト）を 書いたscr_animというファイルを同じフォルダに用意しておいて， 画面上で操作した角度・切断面を決めた上で可視化画面でyを押せば jpgファイルを出力してくれる．
    ただし，ファイル数は90程度までと，rasmolと違いあまり沢山のフレームは作成できない．
    80
    00000.cfg Jpgs/00000.jpg
    01000.cfg Jpgs/01000.jpg
    02000.cfg Jpgs/02000.jpg
    :
以上！
エネルギーや応力などの値をカラーマップで表示するのは自分で調べること． （上限・下限とかの情報がどうなってるのかわからん）