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概要

志賀元紀 (Motoki Shiga)

所属・職位:
・岐阜大学 工学部 電気電子・情報工学科 情報コース 准教授
・科学技術振興機構 (JST) さきがけ研究者 (マテリアルズインフォマティクス領域)
・理化学研究所 革新知能統合研究センター 分子情報科学チーム 客員研究員

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研究分野
統計的機械学習、データマイニング、バイオインフォマティクス、ケモインフォマティクス

所属学会
ISCB (International Society for Computational Biology), ACS (American Chemical Society) JSBi (Japanese Society for Bioinformatics), 電子情報通信学会, 人工知能学会

職歴

常勤
2017年4月〜現在まで 岐阜大学 工学部 電気電子・情報工学科(情報コース)
准教授
2013年10月〜2017年3月 岐阜大学 工学部 電気電子・情報工学科(情報コース)
助教(テニュアトラック)
2011年4月〜2013年9月 豊橋技術科学大学大学院 工学研究科 情報・知能工学系 知能情報学分野
助教
2008年4月〜2011年3月 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
生命情報マイニング先端研究プロジェクト(パスウェイ工学領域)
助教
2008年4月〜2011年3月 京都大学大学院 薬学研究科 医薬創成情報科学専攻 分子設計情報分野
助教
2006年4月〜2008年3月 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
パスウェイ工学領域
博士研究員

兼任
2018年5月〜現在まで 理化学研究所 革新知能統合研究センター 分子情報科学チーム
客員研究員
2018年4月〜現在まで 東京大学 生産技術研究所
リサーチフェロー
2016年10月〜2020年3月 科学技術振興機構 (JST) さきがけ研究員
2013年12月〜2015年3月 岐阜大学 研究推進・社会連携機構 人間医工学研究開発センター
助教

非常勤
2012年4月〜現在まで 京都大学大学院 薬学研究科 医薬創生情報科学専攻・非常勤講師
2012年4月〜2013年9月 岐阜大学 工学部・非常勤講師

学歴

2003年4月〜2006年3月 岐阜大学大学院 工学研究科 電子情報システム工学専攻
博士後期課程・指導教官:横田康成 助教授(現在:教授)
2004年10月〜2005年2月 東京工業大学大学院 総合理工学研究科 知能システム科学専攻
研究指導委託(指導教官:渡辺澄夫 教授)
2001年4月〜2003年3月 岐阜大学大学院 工学研究科 応用情報学専攻
博士前期課程・指導教官:横田康成 助教授(現在:教授)
1997年4月〜2001年3月 岐阜大学 工学部 応用情報学科
卒業研究指導教官:横田康成 助教授(現在:教授)
1994年4月〜1997年3月 岐阜県立岐山高等学校 理数科
1991年4月〜1994年3月 岐阜市立岐北中学校

競争的資金

  1. 東北大学 電気通信研究所 共同プロジェクト
    研究課題A. プロジェクト研究(若手研究者対象型、萌芽的研究支援型)
    (共同研究者:大塚朋廣 准教授)
    量子デバイスと情報科学アプローチの融合に関する研究
    代表者, 平成30年度
  2. 京都大学 化学研究所
    共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究

    バイオ情報学分野(共同研究者:馬見塚拓 教授)
    ゲノムの多様な補助情報を用いるためのスパース正則化学習
    代表者, 平成29年度
  3. 科学技術振興機構 (JST) 戦略的創造研究推進事業(さきがけ)
    研究領域「理論・実験・計算科学とデータ科学が連携・融合した先進的マテリアルズインフォマティクスのための基盤技術の構築」
    課題名「物質・材料の微細構造計測におけるインフォマティクス技術の開拓」
    代表者, 平成28年度〜31年度
  4. 日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究 (B)
    複数データセットの効率的統合に基づく機械学習法
    代表者, 平成28年度〜31年度
  5. 日本学術振興会 科学研究費補助金 新学術領域研究
    ナノ構造情報のフロンティア開拓 ー 材料科学の新展開」(計画研究)
    材料インフォマティクスに適した機械学習法の開拓
    分担者(代表者:津田宏治 教授), 平成28年度〜29年度
  6. 京都大学 化学研究所
    共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究

    バイオ情報学分野(共同研究者:馬見塚拓 教授)
    多様な補助情報を用いた生体分子間相互作用の解析
    代表者, 平成28年度
  7. 科学技術振興機構 戦略的創 研究推進事業 ACCEL
    濃厚ポリマーブラシのレジリエンシー強化とトライボロジー応用
    計算科学・馬見塚グループメンバー(代表:辻井 敬亘 教授・京都大学), 平成27年10月-平成32年3月.
  8. 岐阜大学 活性化経費(研究グループ形成支援)
    岐阜大学11m電波望遠鏡における水分子スペクトル観測システムの開発
    分担者(代表:須藤広志 助教), 平成27年度
  9. 岐阜大学 活性化経費(若手研究支援)
    補助情報を用いる効率的かつ高速な統計的機械学習法
    代表者, 平成27年度
  10. 公益財団法人 豊田理化学研究所 豊田理研スカラー 研究助成
    補助情報を用いるテンソル因子化法における雑音モデルの一般化
    代表者, 平成27年度
  11. 九州大学 生体防御医学研究所 共同研究課題
    ゲノミクス・エピゲノミクス分野(共同研究者:佐藤哲也 助教)
    エピゲノム変化追跡アルゴリズムの開発
    代表者, 平成27年度
  12. 京都大学 化学研究所
    共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究

    バイオ情報学分野(共同研究者:馬見塚拓教授)
    統計的機械学習法に基づく生物情報解析法の開発
    代表者, 平成27年度
  13. 日本学術振興会 科学研究費補助金 新学術領域研究
    ナノ構造情報のフロンティア開拓 ー 材料科学の新展開」(公募研究)
    材料設計における効率的スクリーニングのための機械学習法
    代表者(連携研究者:桑原彰秀 博士), 平成26年度〜27年度
  14. 日本学術振興会 科学研究費補助金 若手研究 (B)
    多様な補助知識を利用する高速な統計的機械学習アルゴリズム
    代表者, 平成25年度〜27年度
  15. 京都大学 化学研究所
    共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究

    バイオ情報学分野(共同研究者:馬見塚拓教授)
    外的な生物学的知識を用いる バイオインフォマティクス法
    代表者, 平成26年度
  16. 公益財団法人 大川情報通信基金
    2012年度 研究助成 人工知能分野

    多様な同時計測データセットの同時クラスタ解析法の開発
    代表者, 平成25年度
  17. 九州大学 生体防御医学研究所 共同研究課題
    ゲノミクス・エピゲノミクス分野(共同研究者:佐藤哲也 助教)
    遺伝子転写制御メカニズム解明のためのデータマイニング法の開発
    代表者, 平成25年度〜26年度
  18. 京都大学 化学研究所
    共同利用・共同研究拠点 分野選択型萌芽的研究

    バイオ情報学分野(共同研究者:馬見塚拓教授)
    パーソナライズド医療のための生物データの同時クラスタ解析法の開発
    代表者, 平成24〜25年度
  19. 文部科学省 科学研究費補助金 若手研究 (B)
    生物ネットワーク構造に基づく統合的データマイニング手法の構築
    代表者, 平成20年度〜21年度
  20. 科学技術振興機構(JST) バイオインフォマティクス推進センター(BIRD)
    創造的な生物・情報知識融合型の研究開発
    ,
    生命科学上の非構造化データの統合マイニング,
    分担者,(代表:馬見塚拓 教授), 平成19年10月-平成22年9月
  21. 井上科学振興財団
    国際研究集会への出席旅費
    ,
    代表者, 国際会議IJCNN2005への旅費補助, 平成17年.

学会運営活動

委員等
  1. The 22nd Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD 2018), Technical Program Committee, 2018.
  2. The 27th International Joint Conference on Artificial Intelligence and the 23rd European Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-ECAI 2018), Program Committee, 2018.
  3. The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2018), Program Committee, 2018.
  4. 計測自動制御学会 ライフエンジニアリング部門シンポジウム2017, 実行委員, 2017.
  5. The 11th International Workshop on Machine Learning in Systems Biology (MLSB2017), Program Committee, 2017.
  6. 日本応用数理学会・機械学習研究部会, 幹事, 2016年度〜現在まで.(主査・2018年度〜現在まで)
  7. 日本化学会情報化学部会・若手の会, コアメンバー, 2014年度〜現在まで.
  8. 第19回情報論的学習理論ワークショップ, プログラム委員, 2016.
  9. The 10th International Workshop on Machine Learning in Systems Biology, Program Committee, 2016.
  10. 計測自動制御学会 ライフエンジニアリング部門, 幹事, 2013年度.
  11. 第40回構造活性相関シンポジウム, 実行委員, 2012年.
  12. The 10th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, Japan, Local Organizing Committee, July 2010.
査読
Journal: Nano Letters, F1000Research, Pattern Recognition, Neuralcomputing, BMC Bioinformatics, International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics, BMC Systems Biology, 人工知能学会論文誌
Conference: Neural Information Processing Systems (NIPS) (2012-2014), SIAM International Conference on Data Minig (SDM) (2011, 2013-2014), ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD) (2013-2014), International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) (2011, 2014), International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS) (2014), European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML/PKDD) (2012)

講義歴

2018年度 岐阜大学 工学部
①学部1年・初年次セミナー(全体取りまとめ及び「オリエンテーション」1コマ)
②学部2年・確率統計応用(1コマ×16回)
③学部3年・機械学習(1コマ×16回)
④学部3年・情報工学セミナー(1コマ×16回)

岐阜大学大学院 自然科学技術研究科
⑤修士課程1年・データマイニング特論(1コマ×8回)
京都大学大学院 薬学研究科(非常勤講師)
⑥創薬情報科学論
 5月7日(月)「統計的機械学習I・II・Ⅲ」(3コマ)

2017年度 岐阜大学 工学部
①学部1年・初年次セミナー(「Python演習」1コマ、「研究紹介」1コマ)(1コマ×2回)
②学部2年・確率統計応用(1コマ×16回)
③学部3年・情報工学セミナー(1コマ×16回)

岐阜大学大学院 自然科学技術研究科
④修士課程1年・データマイニング特論(1コマ×8回)
京都大学大学院 薬学研究科(非常勤講師)
⑤創薬情報科学論
 5月8日(月)「統計的機械学習I・II」(2コマ)

2016年度 岐阜大学 工学部
①学部2年・確率統計応用(1コマ×16回)
②学部3年・情報工学セミナー(1コマ×16回)
③博士前期課程1年・データ解析特論(1コマ×16回)

京都大学大学院 薬学研究科(非常勤講師)
④情報科学概論
 5月17日(火)「機械学習概論」(1コマ×1回)
 
2015年度 岐阜大学 工学部
①学部1年・初年次セミナー「Pythonプログラミング」(1コマ×3回)
②学部1年・技術と技術者の倫理II「データ解析と研究論文作成における倫理」(1コマ×1回)
③学部2年・確率統計応用(1コマ×16回)
④学部3年・情報工学セミナー(1コマ×16回)
⑤博士前期課程1年・データ解析特論(1コマ×16回)

京都大学大学院 薬学研究科(非常勤講師)
⑤情報科学概論
 5月12日(火)「ネットワークマイニングⅢ」(1コマ×1回)
 
2014年度 岐阜大学 工学部
①学部1年・初年次セミナー「レポートの書き方」(1コマ×1回)
②学部2年・確率統計応用(1コマ×16回)
③学部3年・応用情報セミナーII(1コマ×16回)
④博士前期課程1年・データ解析特論(1コマ×16回)

京都大学大学院 薬学研究科(非常勤講師)
⑤情報科学概論
 6月5日(木)「ネットワークマイニング」(1コマ×1回)
 
2013年度 豊橋技術科学大学 工学部 情報・知能工学系
①学部1年・前期 プログラミング演習Ⅰ(C言語の演習,1コマ×15回)
②学部2年・前期 情報・知能工学基礎実験
 担当:PCの分解と組み立て(2コマ×2回)
京都大学大学院 薬学研究科(非常勤講師)
③情報科学概論/医薬創成ITビジネス特論
 5月7日(火)「ネットワークマイニング」(1コマ×1回)
 
岐阜大学 工学部
④学部1年・初年次セミナー
 6月11日(火)「研究というお仕事」(1コマ×1回)
⑤学部3年・応用情報セミナーII(1コマ×16回)
⑥博士前期課程1年・応用数理解析(1コマ×8回)


2012年度

豊橋技術科学大学 工学部 情報・知能工学系
①学部1年・前期 プログラミング演習Ⅰ(C言語の演習,1コマ×15回)
②学部2年・前期 情報・知能工学基礎実験
 担当1:PCの分解と組み立て(2コマ×2回)
 担当2:論理回路Ⅰ(組み合わせ論理回路,2コマ×4回)
 担当3:論理回路Ⅱ(順序回路,2コマ×4回)
③学部3年・後期 情報・知能工学実験
 担当:PCM通信の基礎
(ハードウェアとMATLABによる実習,3コマ×8回+2コマ×8回)
京都大学大学院 薬学研究科(非常勤講師)
④情報科学概論/医薬創成ITビジネス特論
 5月29日(火)「ネットワークマイニング」(1コマ×1回)
 
岐阜大学 工学部(教養科目)(非常勤講師)
⑤現代テクノロジーの展開ⅠF
 6月5日(火)「研究というお仕事」(1コマ×1回)


2011年度 豊橋技術科学大学 工学部 情報・知能工学系
①学部2年前期 情報・知能工学基礎実験
(担当:論理回路Ⅰ・Ⅱ,2コマ×8回)
②学部3年後期 知能情報工学実験
(担当:分子情報工学コース,2コマ×10回)


2008〜2010年度 京都大学大学院 薬学研究科
情報科学概論
(医薬創成ITビジネス特論、バイオ情報技術概論、バイオインフォマティクス特論A)
(担当:コンピュータ演習,1コマ×2回)