DNA Sequencing Analytical service
Analysis Fee 受託解析料金
How to submit samples サンプル提出方法
Fill the name of the sample to the sample tube サンプルチューブへの記入
methods for coordination of Pre-Reaction Sequencing sample 反応前サンプルの調整方法
About recept of analysis result データの受取
How to connect to the file server ファイルサーバーへの接続方法
Analysis of the Sequencing data シーケンス結果の解析
Options Service シーケンスオプションサービス
Outline
We're going a sequencing analytical service by using DNA Sequencer ABI 3100 and 3130
ゲノム研究分野では、DNAシーケンサ3500を使用して受託シーケンスを行っています。
* Pre-Reaction / Post-Reaction Sequencing analysis is done by using the 3500 sequencer、
Fee
Please refer to price list for the regular fee.
*During the campaign , the price is different from the regular fee.
通常料金はこちらをご覧ください。 (※キャンペーン中は価格が異なります)
The group to use for the first time the pre-reaction sequence is a free until the first 10 samples.
初めて反応前シーケンスをご利用のグループは、初回10サンプルまで無料です。
How to submit a sample
Pre-Reaction Sequence ( Other than School of Medicine ) 反応前シーケンス(医学部以外)
Pre-Reaction Sequence ( School of Medicine )
反応前シーケンス(医学部) 
サンプル回収依頼フォームでの受付となります
Post-Reaction Sequence 反応済みシーケンス
Fragment analysis フラグメント解析
If you are a "Registered user", you can admission and submit samples at any time 24 hours.
ゲノム研究分野に利用登録しているユーザーであれば、24時間いつでも入館しサンプルを提出することができます。
Each analysis service , please reserve on the phone in the case of a lot of sample ( 1 plate or more)
各受託ともに大量サンプル（１プレート以上）の場合は電話での予約をお願いします。
Telephone Hours 9 : 00 〜 16 : 00
Extension number ( 3171 )
電話受付時間 9時〜16時まで ゲノム研究分野 内線(3171)
If you are planning an analysis of the mass sample , such as the genome project , please contact us in advance.
We will carry out suggestions such as schedule adjustments and discounts .
ゲノムプロジェクトなど、大量サンプルの解析を希望される方は、前もってご相談ください。 日程調整、割引等のご提案をさせていただきます。
If you want to submit to put a pre-reaction sample to the plate ,
please don't put anything in one well .
(In order to put the control sample in one well.)
反応前サンプルをプレートで提出する場合は、1ウェル分は何も入れないでください。(1ウェル分はコントロールサンプルを入れるため)
Fill the name of the sample to the sample tube
In principle , please fill in the sample name in the serial number
サンプル名は原則として連番で記入してください。
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Arrangement of the samples to the sample BOX ( Tube racks )
サンプルBOX(チューブ立)へのサンプルの並べ方 Please arranged in the order of A1, B1, C1 from the top left ( A1 ) .
(please arranged the sample without an interval) 左上(A1)からA1、B1、C1、〜の順番で、詰めて並べてください。 *This shall not apply , such as 8strips PCR tube, etc. 8連チューブなど、前のサンプルと詰めて入れられない場合はこの限りではありません。 If more than one person in the same group is to submit
同一グループで複数人が提出する場合 If you can not continue numbering together everyone in the sample , please fill in the alphabet such as the initials of their name on the lid of the tube . 全員分まとめた連番に出来ない場合は、チューブのふたに各自の名前の頭文字のアルファベット等を記入してください。 Such as in the case of a lot of samples or PCR tube ,
if you can not write until the group number to all of the lid 大量サンプル・PCRチューブの場合など、全てのフタにグループ番号まで書けない時 Although it's don't have to fill in the name of the sample in all , the first and last samples please fill in the group number always . 全てに記入しなくてもかまいませんが、最初のサンプルと最後のサンプルには必ずグループ番号を記入してください。 We have prepared the seal, that affix on the lid and on the side of the tube.
チューブのふたや側面に貼るシールも置いてありますのでご利用ください。 |
methods for coordination of Pre-Reaction Sequencing sample
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In total volume of 10μl with pure water , put it in 1,5ml tube .
純水で全量10μlにし、1,5mlチューブに入れてください。
It's better to check in advance the purity of the template DNA by agarose gel electrophoresis.
鋳型DNAは、あらかじめアガロースゲル電気泳動で純度を確認することをお勧めします。
In this case , a simple plasmid also shows the three bands , CCC type , OC type and Linear type nicked in part.
If necessary , by digestion with an appropriate restriction enzyme , please make sure that it is a single band .
このとき、単純なプラスミドもCCC型、OC型と、一部ニックが入ったLinear型の３本のバンドを示します。 必要に応じ、適当な制限酵素で消化することにより、単一なバンドであることを確認してください。
In the case of plasmid DNA, please particular attention that there is no contamination of the RNA of the small molecules.
プラスミドDNAの場合、特に低分子のRNAの混入がないことを特に注意してください。 (Broadband visible to the 200base below 200base以下に見えるブロードなバンド) |
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In total volume of 10μl with pure water , put it in 1,5ml tube .
純水で全量10μlにし、1,5mlチューブに入れてください。 In the case of PCR product , please do the work of removing the primer .
PCR産物の場合プライマー除去の作業を行ってください。 (PEG precipitation , ultrafiltration membrane , etc. (PEG沈殿、限外ろ過膜等) ) It's better to check in advance the purity of the template DNA by agarose gel electrophoresis.
鋳型DNAは、あらかじめアガロースゲル電気泳動で純度を確認することをお勧めします。
If contains chelating agents such as EDTA, it is essential for the activation of the enzyme Mg2 + and will then chelate to inhibit sequencing reaction .
EDTAなどのキレート剤が含まれていると、酵素の活性化に必須であるMg2+をキレートしてしまい、シーケンス反応を阻害します。 For this reason , the use of such TE buffer containing a chelating agent to the sample should be avoided. このため、サンプルにキレート剤が含むTE bufferなどの使用は避けて下さい。 Concentration of template DNA and the primer does not need to think so severe .
鋳型DNAとプライマーの濃度はそれほどシビアに考える必要はありません。 In our data , between 1 / 10-10 times the amount , it has sufficiently reliable results are obtained . 我々のデータでは1/10〜10倍量の間で、十分に信頼できる結果が得られています。 |
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Data receiving
Receivinig the sequencing results DNAシーケンス解析結果の受取 Analysis results of the samples that have been submitted by daily deadline time , you can receive from the file server in the forenoon of the next day .
毎日締め切り時間までに提出されたサンプルの解析結果は、翌日午前中にファイルサーバーから受け取ることができます。 Please see this description more information on how to connect to the file server .
ファイルサーバーへの詳しい接続方法はこちらの説明をご覧ください。 |
Receiving the results of fragment analysis フラグメント解析結果の受取
Location of the analysis result
The PC that are installed "Gene Mapper"(1F 102) → desktop screen → "Users Data"( Black icon ) → "Users Data-original"
ジーンマッパーのPC ( ゲノム研究分野1階102 情報処理室 ) のデスクトップ上にある Users Data (黒いアイコン) → Users Data-original 内にあります。 (February 18, 2014 revision) (2014年2月18日より改訂)
Original data ( Division of Genomics Research have analyzed )
ゲノム研究分野解析が終了したオリジナルデータ
Users Data ( black icon on the desktop screen ) → Users Data-original
デスクトップの Users Data (黒いアイコン) → Users Data-original
The data that each laboratory(group) have analyzed individually
各研究室が各自で解析したデータ
Users Data ( black icon on the desktop screen ) → Users Data → save in the folder of each laboratory(group)
デスクトップの Users Data (黒いアイコン) → Users Data → 各研究室のフォルダに各自保存
Please save your data in the "Users Data" folder, NOT in the "Users Data-original" folder.
PC that is installed Gene Mapper , please do not connect to the network.
ジーンマッパーのPCはネットワークに繋がないでください
Analysis results of the sample submitted on Friday , will come out next week Monday .
( *If next week Monday is holiday, it will be later. )
金曜日解析の結果は翌週明けの月曜日(祝日等、休業日の場合はそれ以降)になります。
Samples that were submitted past the deadline time will be analyzed in the next day.
締め切り時間を過ぎて提出された場合は翌日の解析となります。
In rare cases , if the number of samples exceeds the upper limit analysis of the day , please understand that there is a case to be analyzed in the next day .
稀なケースですが一日の受託可能サンプル数を超えた場合は翌日の解析になりますのでご了承ください。
In this case, we will contact you that the analysis is delayed .
この場合はその旨を連絡致します。
How to connect to the file server ( Receipt of the sequence result data )
Open the Internet browser and access to the URL that is allocated to each group
" http://seq.sakura.ne.jp/seq/group number + password/ "
インターネットブラウザを開き、各グループに割り振られたURL 「http://seq.sakura.ne.jp/seq/グループ番号 + パスワード/」 へアクセスします。
Ex: group number " GT-01 " , password " abcd"
例 : グループ番号が「GT-01」で、パスワードが「abcd」の場合
Access to the URL http://seq.sakura.ne.jp/seq/gt-01abcd//
*Please type the group number in lowercase
※グループ番号は小文字にしてください
*Please contact if you don't know the password .
※パスワードは、初めてご利用される方はお問い合わせ下さい。
If the URL is correct , open the folder of the analysis data .Please download the required data .
URLが正しければフォルダが開きます。必要なデータを各自ダウンロードして下さい。
Analysis result is in to zip file . Please decompression .
データはzip圧縮されています。各自で解凍して下さい。
In principal, the period to keep the analysis data in the file server is one month .
サーバー上でのデータの保存期間は、原則として1ヶ月間です。
Analysis data may be deleted without notice , please note .
予告なく削除される場合もありますのでご注意下さい。
Analysis of the Sequencing data
From the website of "Thermo Fisher Scientific Inc." , you can download Sequence Scanner (the software that can display the sequence of results file to confirm the waveform data ) at no charge .
サーモフィッシャー社ウェブサイトの下記ページから Sequence Scanner ( シーケンス結果のファイルを表示し波形データを確認することができるソフトウェア )を無償でダウンロードできます。
Sanger Sequencing and Fragment Analysis Software
Pre-Reaction Sequence ( Other than School of Medicine )
Sample acceptance deadline・・・Monday to Friday every morning 9:30 ( Except the holiday )
サンプル受付締切・・・月曜日〜金曜日の毎朝 9:30 (祝日等休業日は除く)
Please put side by side the tubes to the " pre-reaction sequence Box ( pink tube racks ) " . ( Uppermost of the rack, which is in the lower left door of the refrigerator , Division of Genomics Research building 2F [room 202] )
ゲノム研究棟202の冷蔵庫左下扉上段の「反応前シーケンスBox (ピンク色)」にチューブを並べて入れてください。
Please fill in the group name (EX:AG01) and the serial number of the sample to the lid of the tube.
チューブのふたにグループ名（AG01など）とサンプルの通し番号を記入してください。
Please fill out the " Use-record note ( pink ) "
ピンクの「反応前受託シーケンス使用記録簿」に必要事項を記入してください。
If you want to submit to put a pre-reaction sample to the plate ,
please don't put anything in one well .
(In order to put the control sample in one well.)
プレートで提出する場合は1ウェル分は何も入れないでください。 (コントロールサンプルを入れるため)
Pre-Reaction Sequence ( Receive the samples in theSchool of Medicine Building)
E-Mail acceptance deadline・・・The morning of the day 8:00 , you want to request a sequence analysis (*Saturday, Sunday and public holidays, we can not collecte samples.)
メール受付締切・・・回収希望日の朝 8:00 (土日・祝日等休業日は回収できません)
The Request of to collect samples in the School of Medicine building
医学部棟でのサンプル回収の申し込み
サンプル回収依頼フォームでの受付となります
Request acceptance deadline is every morning 8:00.
受付は毎朝8時締め切りとします。
Fill in the number of samples is not required when booking , but please contact us if you want to analyze a lot of sample (96 or more samples) .
予約時にサンプル数の記入は特に必要ありませんが、大量サンプル（96 サンプル以上）の場合はご相談ください。
Deadline to be collected the samples・・・The morning of the day 8:45 , you want to request a sequence analysis (*Saturday, Sunday and public holidays, we can not collecte samples.)
サンプル回収締切・・・回収希望日の朝 8:45 (土日・祝日等休業日は回収できません)
If you submit a sample 8:45 or later , even if you have reservations , please keep in mind that is analyzed in the next day .
8:45以降に持ってこられた方は、予約されていても翌日の反応になりますのでご注意ください。 以降に持ってこられた方は、予約されていても翌日の反応になりますのでご注意ください。
Place to collect samples・・・School of Medicine Building 5F 医学部棟5階 共通機能機器センター「5S22」
サンプル回収場所・・・ 医学部棟5階 共通機能機器センター「5S22」
Please contact us for entering password .
入室キーについてはゲノム研究分野までお問い合わせください
If you want to submit to put a pre-reaction sample to the plate ,
please don't put anything in one well .
(In order to put the control sample in one well.)
プレートで提出する場合は1ウェル分は何も入れないでください。 (コントロールサンプルを入れるため)
Post-Reaction Sequence
Sample acceptance deadline・・・ Monday to Friday every afternoon 14:30 ( Except the holiday )
サンプル受付締切・・・ 月曜日〜金曜日の毎日 14:30 (祝日等休業日は除く)
Dissolve the dried sample with Hi-Di Formamide (10μl) , and then lightly centrifuged the tube.乾燥状態のサンプルをHi-Diホルムアミド10μlで溶解しチューブを軽く遠心してください。
Please put side by side the tubes to the " post-reaction sequence Box ( blue tube racks ) " . ( Middle of the rack, which is in the lower left door of the refrigerator , Division of Genomics Research building 2F [room 202] )
ゲノム研究棟202の冷蔵庫左下扉中段の「反応済みシーケンスBox (青色)」にチューブを並べて入れてください。
Please fill in the group name (EX:AG01) and the serial number of the sample to the lid of the tube. チューブのふたにグループ名（AG01など）とサンプルの通し番号を記入してください。
Please fill out the " Use-record note ( blue ) "青色の「反応済み受託シーケンス使用記録簿」に必要事項を記入してください。
it's not necessary to transfer the sample from the tube to the plate , and to input to the sample name in sample sheet .今までのようにサンプルをプレートに移したりサンプルシートの入力は必要ありません。
※If you want to input a special sample names and comments , please contact us in advance by phone .特別なサンプル名やコメントの入力を希望する場合は電話でご相談の上お越し下さい。
※Corresponding to the sample using the "BigDye Direct" and "X Terminator Kit".BigDye Direct、X Terminator Kitを使用したサンプルにも対応します。
※We accept BigDye version3.1or1.1.Please indicate the version of your sample on the order logbook.BigDyeのバージョンV1.1またはV3.1ni対応しています。(バージョンは使用記録簿に記入する必要があります)
Fragment Analysis
Sample acceptance deadline・・・ Monday to Friday every afternoon 14:30 ( Except the holiday )
サンプル受付締切・・・月曜日〜金曜日の毎日 14:30 (祝日等休業日は除く)
Dissolve the dried sample with Hi-Di Formamide (10μl) , and then lightly centrifuged the tube.
乾燥状態のサンプルをHi-Diホルムアミド10μlで溶解しチューブを軽く遠心してください。
Please put side by side the tubes to the " post-reaction sequence Box ( blue tube racks ) " . ( Bottom step of the rack, which is in the lower left door of the refrigerator , Division of Genomics Research building 2F [room 202] )
ゲノム研究棟202の冷蔵庫左下扉下段の「フラグメント解析Box (緑色)」にチューブを並べて入れてください。
Please fill in the group name (EX:AG01) and the serial number of the sample to the lid of the tube.
チューブのふたにグループ名（AG01など）とサンプルの通し番号を記入してください。
If you want to submit a sample in the plate , put a film seal or wrap in a shroud , enclose the area where the sample is contained by using a pen, and describe the group name .
プレートで提出する場合は、シールまたはラップをしてマジックでグループ名とサンプルの入っているウェルがわかるように囲ってください。
Please fill out the " Use-record note ( green ) "
緑色の「フラグメント解析受託使用記録簿」に必要事項を記入してください。
Please fill sure to Dye set for analysis in the remarks column .
その際、備考欄に使用するDye setも忘れずに記入してください。
Input to the sample sheet is not required.
サンプルシートの入力は必要ありません。
※If you want to input a special sample names and comments , please contact us in advance by phone .
特別なサンプル名やコメントの入力を希望する場合は電話でご相談の上お越し下さい。