P(R) CALCULATION FROM PDB MODEL 
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`P（r)` 関数の観点からSAXSデータを検証することは、構造変化を理解または検出するための最良の方法である。 `P（r）` 関数がSAXS曲線の実空間表現であるにもかかわらず、 `P（r）`  関数は、最もノイズのない観測されたSAXS曲線の分解能が制限された視点である。しかしながら、関数自体は単純であり、特徴を解釈することは、既知の（ホモロジー）モデルからの `P（r）` 関数を重ね合わせることによって促進され得る。


ここで、 :file:`"P4P6_A4_2.mccd.dat"` にPDBファイル  :file:`single.pdb` がロードされる。見てわかるように、データは広向 `q` （〜0.42Å :sup:`-1` ）にあたる。 PDBファイルをロードするには、ファイルを4つのパネルのいずれかにドラッグするだけである。 :program:`Scatter` は自動的にファイルを `P（r）` 関数に基づくSAXSカーブに変換する。この計算には時間がかかることがあるため、待機すること。水分子はデフォルトで除外される。水分子を含めるには、　:menuselection:`"Setting"` でフラグを変更できる（図2の赤い矢印を参照）。 :program:`SCÅTTER` はPDBからの `dmax` を決定し、それを図1に示す。

図1 

.. image:: 5.1pr_pdb_1-18e6c8da4f8e0fa931bf44f47862e610.png
   :scale: 60%

計算は、PDB内の全粒子に対して実行される。

図2

.. image:: 5.2pr_pdb_2-c6daf2986710e12c370f359ce47ef919.png
   :scale: 60%

さらに、計算された `P（r)` 関数の分解能を設定することができる（デフォルト：0.4）。分子のサイズによっては、計算に時間がかかることがある。また :program:`SCÅTTER`　は、3D凸包を計算し、凸包の最も遠い2点を `dmax` として、入力分子の `dmax` を決定する。また、実験 `P(r)` を最適化して、データセットに適した115オングストロームの新しい  `dmax` を決定した。

図3 

.. image:: 5.3pr_pdb_3-36d38abf8dd11e3bc1bc81e8d8b448f8.png
   :scale: 60%

濃度、コントラスト、そして、実験強度のスケールなどの多くの理由からスケールはオフになる。したがって、本プログラムは設定可能なスケールを含めた、もし `P（r）` 関数が実験関数よりも小さい場合は、スケールを1.02に設定し、 :menuselection:`"Retern"` キーを数回押して分布を高倍率にする。同様に、それが大きい場合は、スケールを0.98に設定し同様のことを行う。