.. 後藤分


===========================================
KRATKY ANALYSIS
===========================================


”伸びた”または”ランダムコイル”の様の生物学的高分子はKratkyプロットによって定性的に評価される。Kratkyプロットは小角と広角が合併されたデータを使用し、任意のグラフまたは表計算プログラムを使用して作られるが、我々はScÅtterと最後には :program:`Primus` の旧バージョンを使ってKratkyプロットをデモする。


.. figure:: 1.png
   :scale: 60%


   Kratkyプロットは伸びたサンプルを識別する
   球状の高分子はPorodの法則に従い、ベル型の曲線を持つ。
   伸びたペプチドのような拡張高分子はこのピークを欠いて、
   より大きな *q* の範囲で平らになりわずかに増加する。
   
   

************

Kratkyの解釈はガウシアンコイルの散乱曲線に由来する。デバイ式は限定されたデータ範囲内で、ガウシアン的コイルとして振る舞う高分子への散乱強度が *q* 対 *q* \ :sup:`2`\ × *I* 　プロットにおいて平坦になることを示す。最初に、いくつかのデータを読み込みAnalysisを押し、Kratkyボタン(図2の黄色の丸)をクリックする。ここでは、グルコースイソメラーゼ(青)とSAM-Iリボスイッチ(緑)の2つのデータを読み込む。


.. figure:: 2.png
   :scale: 50%
   
   図2
   

Kratkyボタンはデータとプロットを変換する。(図3)この場合、２つのデータがKratkyプロットで近づくように事前にスケーリングした。見られるように、グルコースイソメラーゼは平坦になっていない一方で、SAM-Iは平坦になっている。これらはコンパクトでフレキシブルな粒子の比較の極端なケースである。SAM-IはRNAリボスイッチで、離散型剛性構造に折りたたむために　Mg\ :sup:`2+`\ とｓ−アデノシルメチオニンを必要とする。SAM-IのこのSAXSデータには代謝産物が存在しない。多くの場合、散乱曲線において、平地に続いて部分的にフレキシブルな粒子のベースラインへゆっくりと降下する。より多くの事実は粒子体積とPorod指数を調べることで得られる。場合によっては、bufferの差分が不十分であると人為的に高い *q* でベースラインを上昇する。


また、図2を見るとグルコースイソメラーゼとSAM-Iが似たような　R :sub:`g` 値を持つがSAM-Iはグルコースイソメラーゼの１/４の大きさだ。 R :sub:`g` 値の比較は、SAM-Iの質量分布が比較的大きな R :sub:`g` 値をもたらす広い空間に広がり分散するという概念を強く裏付ける(RNAの展開について期待されるように)。

.. figure:: 3.png
   :scale: 50%
   :align: center
   
   図3
   




PRIMUS
-------

Primusの場合、最初に ``Select`` ボタンをクリックしデータファイルを探してデータを読み込む(図4参照)。この例では、 :file:`TyMV_1.dat` というファイルを選んだ。ファイルを選んだあとOKをクリックしてダイアログボックスにファイル名をロードする(図5の矢印1)。次に ``Plot`` ボタンをクリックして、 :program:`Primus` でデータをプロットする(図5の矢印2)。


.. figure:: 4.png
   :scale: 40%
   :align: center
   
   図4
   


.. figure:: 5.png
   :scale: 40%
   :align: center
   
   図5
   


するとデータがプロットされるはずだ。 :program:`Primus` でKratkyプロットを作成する次のステップでは、 ``Sasplot`` ボタンをクリックする必要がある(図6参照)。これによって :program:`Primus` 上で動くSasplotと呼ばれるプログラムが起動する。データは再プロットされるのでご心配なく。


.. figure:: 6.png
   :scale: 40%
   :align: center
   
   図6
   




次のステップはより見やすくするためのもので、ドットから円に表示を変える。 ``Symbols`` ボタンをクリックすると変わる(図7)。

.. figure:: 7.png
   :scale: 40%
   :align: center
   
   図7
   



Kratkyプロットはｙ軸が *I* ( *q* )× *q* \ :sup:`2` \ (またはSASプロットの *I* ( *s* )× *s* \ :sup:`2` \ )であるデータの変換だ。これはSASプロットで簡単にできる。図8で強調されているViewタブをクリックするとドロップダウンメニューが表示される。


.. figure:: 8.png
   :scale: 40%
   :align: center
   
   図8
   

ドロップダウンメニューの ``Y × s^2:: X`` を選択する。


.. figure:: 9.png
   :scale: 40%
   :align: center
   
   図9
   

魔法のようにデータはKratkyプロットとして再プロットされる(図10)。残念ながらプロットを保存したりSASプロットを使って何か意味のあることをする簡単な方法はない。プレゼンや原稿のためのプロットを作成するには好きなプロット、GnuプロットやRプロットを使うと良い。


.. figure:: 10.png
   :scale: 40%
   :align: center
   
   図10