1. 有機塩素化合物分解嫌気性微生物に関する研究

　揮発性有機塩素化合物による土壌、地下水汚染の原因物質としてとしてPCE(テトラクロロエチレン)、TCE(トリクロロエチレン)、DCE（ジクロロエチレン）等があり大きな問題となっています。
　当研究室が分離したこれらの環境汚染物質を分解する嫌気性微生物について、遺伝子工学的手法を用いたPCE等の分解機構の解明を行っています。 また、これらの物質を分解する新たな微生物の探索を行っています。さらにDNAマイクロアレイ技術を応用することでバイオレメディエーションの実用化を目指した研究を行っています。

・PCE分解菌 Clostridium bifermentans DPH-1株のPCE脱塩素化遺伝子群の解析

・新規PCE類分解微生物の探索とその探索手法の確立

・マイクロアレイを用いた環境中PCE分解微生物の検出と同定方法の確立


2. 植物系廃棄物からの有用物質生産に関する研究

　植物系廃棄物は、未利用のバイオマス資源です。これらの資源を有効に活用できるかどうかが２１世紀の課題のひとつです。様々な種類の植物系廃棄物をいかに効率よく利用するかが鍵となっています。 　我々は、芝草やピスタチオの殻といった植物系廃棄物から、エタノールやキシリトールなどの有用物質を生産する研究を行っています。未利用バイオマスである植物系廃棄物を微生物によって有効に活用する基礎的技術の開発を行っています。

・キシランからのキシリトール高効率で生産する麹菌（Aspergillus oryzae）の遺伝子工学的開発

・麹菌のキシロース代謝経路に関する研究

・ソフトバイオマス（芝草・稲藁等）からのエタノール生産の最適化に関する研究


3. 嫌気環境下の微生物生態学

　自然環境中には、酸素が存在しない場所が多く存在します。そのような環境（嫌気環境）下において微生物は、酸化鉄（Ⅲ）、硫酸塩、二酸化炭素等を呼吸に用いて棲息しています。地球上の様々な元素の物質循環を考えるうえでこの嫌気環境下に棲息する微生物は非常に重要な役割を果たしています。 　私たちは、炭素の循環に重要な役割を担っているメタン生成菌（アーキア）の微生物学的、分子生態学的研究を行っています。また、いまだその実態が明らかとされていない多くの嫌気性微生物に焦点を当てて微生物学的、生態学的研究を行っています。

・新規メタン生成共生系における微生物間相互作用に関する研究

・メタン生成モデル共生系を用いたメタン生成アーキアの遺伝子発現解析

・メタン発酵槽から得られた新規Coprothermobacter属細菌の微生物学的研究