本連合農学研究科は，静岡大学大学院農学研究科及び，岐阜大学大学院応用生物科学研究科の修士課程の講座と附属施設を母体として編成されている。

本連合農学研究科は，２大学農学研究科の密接な協力・連携のもとに運営されているが，当該農学研究科（修士課程）とは別個の独立した研究科（後期3年のみの博士課程）である。

本連合農学研究科には，次の3専攻に7連合講座が置かれている。