設置の趣旨
本研究科は，岐阜大学，信州大学及び静岡大学の各大学の農学研究科が有機的に連合することによって，特徴のある教育・研究組織を編成し，生物（動物，植物，微生物）生産，生物環境及び生物資源に関する諸科学について高度の専門的能力と豊かな学識，広い視野をもった研究者及び専門技術者を養成し，農学の進歩と生物資源関連産業の発展に寄与し，さらに，農林畜水産分野の人材養成を切望する海外からの要請にも応えて，高度の学術・技術の修得を希望する外国人留学生を積極的に受入れ，諸外国における農学及び関連産業の発展にも寄与しようとするものである。本研究科の教育・研究組織は，中部地区の環境，立地など農学及び産業に関連する諸要因を考慮し，産学共同によって，中部地区の発展にも貢献しようとするものである。
沿革
| 昭和45年7月 | 文部省大学設置審議会農学関係専門委員会委員有志によって，博士課程新構想大学院検討会が設けられ，連合大学院の構想についての検討を開始した。 |
| 昭和52年10月 | 農水産系連合大学院構想を全国一本の組織として推進することになった。 |
| 昭和53年4月 | 東京農工大学に農水産系連合大学院（仮称）創設準備室が設置された。 |
| 平成3年4月 | 岐阜大学大学院連合農学研究科（信州大学，静岡大学，岐阜大学の連合）が設置された。 初代研究科長に田中克英教授が就任した。 |
| 平成5年4月 | 第２代研究科長に仲野良紀教授が就任した。 |
| 平成5年12月 | 連合大学院研究科棟が岐阜大学に新営された。 |
| 平成6年3月 | 第１回の課程修了者16人（外国人留学生７人を含む）に博士（農学）の学位が授与された。 |
| 平成9年4月 | 第３代研究科長に杉山道雄教授が就任した。 |
| 平成11年4月 | 第４代研究科長に渡邊乾二教授が就任した。 |
| 平成12年10月 | 本大学院連合農学研究科の外部評価を実施した。 |
| 平成13年4月 | 第５代研究科長に篠田善彦教授が就任した。 |
| 平成13年5月 | 本大学院連合農学研究科創設10周年記念式典が挙行された。 |
| 平成16年4月 | 国立大学は「国立大学法人」となる。 岐阜大学大学院連合農学研究科の設置及び運営に関する構成国立大学法人間協定について、3大学（信州大学、静岡大学、岐阜大学）の学長が締結した。 |
| 平成19年4月 | 第6代研究科長に高見澤一裕教授が就任した。 |
| 平成22年4月 | 岐阜大学及び静岡大学の２大学による構成となる。 |
| 平成22年9月 | 本大学院連合農学研究科創設20周年記念式典が挙行された。 |
| 平成23年4月 | 第7代研究科長に鈴木文昭教授が就任した。 |
| 平成24年3月 | 本大学院連合農学研究科とスブラス・マレット大学大学院との教育連携に関する協定を締結した。 |
| 平成24年5月 | 本大学院連合農学研究科と独立行政法人産業技術総合研究所との教育研究協力に関する協定を締結した。 |
