サイト名

岐阜大学次世代シークエンサー(NGS)サービスのホームページです。

トップ > サンプル提出方法

Q&A

16S metagenome解析について

Q.電気泳動像にプライマーダイマーが見える時は?

しっかりと目的バンドが見えていれば、NGS側で行うビーズ精製によって100bp以下のバンドは取り除くことができます。

Q.非特異的増幅(エキストラバンド)が見られる時は?

目的バンドより明らかに薄い時にはNGS側で行う二次解析で取り除くことができます。
(エキストラバンドの分、目的領域のリード数が減ることをご了承ください)

Q.PCRで使用する酵素は?

腸内細菌には2XKAPA HiFi HotStart ReadyMixを推奨します。
それ以外のPCR酵素も使用できますが、自己責任でよろしくお願いします。

Q.PCRで増幅できない時は?

テンプレートDNA量を変更してください。
多くの場合、テンプレートDNA量を減らすことで改善します。(DNA溶液中の阻害物質量も減るため)

whole genome解析について

Q.アダプタートリムはどのようにすればいい?

生データの両方(R1,R2)の3'末端からCTGTCTCTTATACACATCTの配列を除いてください。
ソフトはTrimmomatic,cutadaptなどをご使用ください。

ページのトップへ戻る